Candidat 2
Possible: Mitocondrial processing peptidase (MPP)
En analitzar en un dels nostres contigs la seqüència adjaçent a un dels SECIS predits pel programa SECISearch.pl es va detectar un possible marc de lectura vàlid. Aquest marc de lectura, però, es va trobar en la regió 5' del SECIS predit, fet que resulta força atípic quan parlem de les seqüències de mRNA de les selenoproteïnes.
Tot i això, es va proseguir amb l'anàlisi i, un cop obtinguda la seqüència proteica mitjançant el programa Expasy, es va realitzar un pBLAST contra la base de dades del NCBI. Després de realitzar-lo, es va determinar que la proteïna detectada corresponia a la subunitat alfa d'una peptidasa de processament mitocondrial en P. berghei (MPP).
Com la seqüència analitzada contenia un TGA, que es prenia com a final de la proteïna en la base de dades, ens vam plantejar si ens podriem trobar davant d'una selenoproteïna.
A partir de la seqüència de DNA que codificava per a la nostra proteïna vam obtenir seqüències homòlogues realitzant un tBLASTn contra totes les espècies de Plasmodium en la base de dades PlasmoDB. Es van obtenir fortes homologies amb P. yoelii i P. chabaudi . Després de traduir aquestes seqüències a proteïna es va obtenir aquest l'alineament.
En l'alineament s'observa que després del Stop corresponent a TGA que haviem detectat en la nostra espècie existeix una conservació total de la seqüència aminoacídica fins al següent Stop (en aquest cas TAA). Això recolzaria la idea de que el codó TGA no codifica per a un Stop sinó per a una selenocisteïna. Si això fos cert la seqüència peptídica de la possible selenoproteïna seria aquesta.
Aquí podeu descarregar tota la documentació referent al Candidat 2.