|
L'alineament múltiple final obtingut per cada selenoproteïna és el següent (ja esmentats a l'apartat anterior, taula 7):
Taula 7
Els resultats que obtenim d'aquests alineaments per cada selenoproteïna són els següents:
Les espècies que contenen proteïnes homòlogues a la selenoproteïna X humana són les següents (taula 8):
| ESPÈCIES |
IDENTIFICADOR |
| Aspergillus flavus (eurotiomycetes) |
TC8426 (EGO) |
| Aspergillus nidulans (eurotiomycetes) |
NP1064701 (EGO) |
| Schizosaccharomyeces pombe (llevat) |
NP271236 (EGO) |
| Magnaporthe grisea (pezizomycetes, fong) |
TC12046 (EGO) |
| Saccharum officinarum (planta) |
TC59427 (EGO) |
| Toxoplasma gondii (coccidia, protozou) |
TC34021 (EGO) |
| Dictyostelium discoideum (dictyostelia, protozou) |
TC26118 (EGO) |
| Drosophila melanogaster (insecte) |
TC182347 (EGO) |
Taula 8
I les espècies que tenen la selenoproteïna X al seu genoma són les següents (taula 9):
| ESPÈCIES |
IDENTIFICADOR |
| Pongo pygmaeus (mamífer) |
CR763568 (EST) |
| Bos taurus (mamífer) |
CK952899 (EST) |
| Ovis aries (mamífer) |
DY522648 (EST) |
| Sus scrofa (mamífer) |
DN101504 (EST) |
| Oryctolagus cuniculus (mamífer) |
DN890944 (EST) |
| Mus musculus (mamífer) |
TC1564935 (EGO) |
| Rattus norvegicus (mamífer) |
TC536815 (EGO) |
| Canis familiaris (mamífer) |
DN433945 (EST) |
| Gallus gallus (au) |
TC186561 (EGO) |
| Haplochromis chilotes (peix) |
TC796 (EGO) |
| Takifugu rubripes (peix) |
AL834586 (EST) |
| Oryzias latipes (tremàtode) |
TC33436 (EGO) |
| Aphyosemion australe (peix) |
TC6371 (EGO) |
| Paralichthys olivaceus (peix) |
CX286692 (EST) |
| Gasterosteus aculeatus (peix) |
DV013787 (EST) |
| Oncorhynchus mykiss (peix) |
TC88469 (EGO) |
| Salmo salar (peix) |
TC28745 (EGO) |
| Xenopus tropicalis (amfibi) |
TC17189 (EGO) |
| Danio rerio (peix) |
TC292690 (EGO) |
| Pimephales promelas (peix) |
DT101194 (EST) |
| Ambystoma mexicanum (amfibi) |
CO784442 (EST) |
| Squalus acanthias (tauró) |
DV497091 (EST) |
| Leucoraja erinacea (raja) |
DR783669 (EST) |
| Molgula tectiformis (ascidiacea, metazou) |
CJ351233 (EST) |
| Branchiostoma floridae (lancelet) |
BW777341 (EST) |
| Hypsibius dujardini (tardigrade) |
CK326724 (EST) |
| Ictalurus furcatus (peix) |
BQ097207 (EST) |
| Boophilus microplus (aràcnid) |
CV443781 (EST) |
Taula 9
Tal i com es pot veure a la figura 3 (fragment de l'alineament múltiple final), podem distingir dos grups d'espècies, els quals tenen una conservació molt alta d'aminoàcids al voltant de la regió on es troba la selenocisteïna o la cisteïna. El primer grup conté cisteïna i és per aquest motiu que diem que totes les espècies d'aquest grup tenen al seu genoma un gen que codifica per una proteïna homòloga a la selenoproteïna X humana. L'altre grup, en canvi, conté una selenocisteïna, fet que ens permet predir que aquestes espècies tenen el gen de la selenoproteïna X al seu genoma.
 Fig. 3
Perquè una proteïna es consideri selenoproteïna cal que la seva seqüència contingui l'aminoàcid selenocisteïna (U) i que la regió 3'UTR del gen que codifica per aquesta selenoproteïna presenti un element SECIS. Per tant, després de buscar amb el programa SECISearch la presència d'elements SECIS a les seqüències de les diferents espècies amb les quals hem fet l'alineament múltiple anterior, hem vist que aquest era present en algunes d'aquestes, però no en totes. A la taula 10 podem veure les espècies on hem trobat l'element SECIS, els seus identificadors, les seves coordenades, l'score i l'estructura d'aquest element SECIS:
Taula 10
Les espècies que tenen selenoproteïna W al seu genoma són les següents (taula 11):
| ESPÈCIES |
IDENTIFICADOR |
| Ictalurus punctatus (peix) |
TC10354 (EGO) |
| Danio rerio (peix) |
TC292064 (EGO) |
| Oncorhynchus mykiss (peix) |
TC86388 (EGO) |
| Salmo salar (peix) |
TC29932 (EGO) |
| Pongo pygmaeus (mamífer) |
CR768863 (EST) |
| Macaca mulatta (mamífer) |
DR771274 (EST) |
| Macaca fascicularis (mamífer) |
CJ437390 (EST) |
| Pan troglodytes CB295308 (mamífer) |
CB295308 (EST) |
| Triticum aestivum (planta) |
BQ245294 (EST) |
| Canis familiaris (mamífer) |
DN433064 (EST) |
| Ovis aries (mamífer) |
DY494961 (EST) |
| Bos taurus (mamífer) |
DY162680 (EST) |
| Sus scrofa (mamífer) |
DN129124 (EST) |
| Mus musculus (mamífer) |
TC1564936 (EGO) |
| Rattus norvegicus (mamífer) |
TC571910 (EGO) |
| Oryctolagus cuniculus (mamífer) |
DN890780 (EST) |
| Spermophilus tridecemlineatus (mamífer) |
CX624687 (EST) |
| Xenopus laevis (amfibi) |
TC258567 (EGO) |
| Xenopus tropicalis (amfibi) |
TC977 (EGO) |
| Gallus gallus (au) |
TC188143 (EGO) |
| Schistosoma mansoni (tremàtode) |
TC16998 (EGO) |
Taula 11
Tal com veiem a la figura 4 (fragment de l'alineament múltiple final), veiem que hi ha una alta conservació d'aminoàcids a la regió del voltant de la selenocisteïna.
 Fig. 4
Tal i com hem dit anteriorment, una característica de les selenoproteïnes és la presència d'un element SECIS a la regió 3' UTR del gen que la codifica. Després de buscar amb el programa SECISearch la presència d'elements SECIS a les seqüències de les diferents espècies amb les quals hem fet l'alineament múltiple anterior, hem vist que aquest era present a les seqüències de les espècies següents (taula 12):
Taula 12
Les espècies que tenen selenoproteïna I al seu genoma són les següents (taula 13):
| ESPÈCIES |
IDENTIFICADOR |
| Rattus norvegicus (mamífer) |
CV116366 (EST) |
| Mus musculus (mamífer) |
BX519296 (EST) |
| Xenopus tropicalis (amfibi) |
CX964228 (EST) |
| Gasterosteus aculeatus (peix) |
DN689568 (EST) |
| Gallus gallus (au) |
BM490310 (EST) |
| Bos taurus (mamífer) |
CK832408 (EST) |
Taula 13
Tal com veiem a la figura 5 (fragment de l'alineament múltiple final), veiem que hi ha una alta conservació d'aminoàcids a la regió del voltant de la selenocisteïna.
 Fig. 5
No hem trobat presència d'elements SECIS a cap de les seqüències de les espècies amb les quals hem fet l'alineament anterior.
| 
