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De los 163 intrones analizados, hay 76 en el grupo 1 (consens.txt) y 87 en el grupo 2 (noconsens.txt). Los ficheros obtenidos para cada intrón tienen una primera línia con la posición del branch-site (si existe), una segunda línia con la especie 'Sc' y la secuencias correspondientes; y una tercera línia con los astericos.
En este fichero se destacan las señales reguladoras de splicing consenso para el grupo 1 de intrones: donor-site (rojo), branch-site (verde) y acceptor-site (azul). De esta forma se confirma la fiabilidad de los resultados obtenidos con el programa primero.pl.
Programa 2:
Después de ejecutar el programa para encontrar motivos de k = 4, 5 o 6, hemos obtenido los resultados siguientes (adjuntos en la tabla):
Longitud motivo (k) | Grupo consenso | Grupo no consenso |
---|---|---|
4 | consens4.txt | noconsens4.txt |
5 | consens5.txt | noconsens5.txt |
6 | consens6.txt | noconsens6.txt |
Análisis de los datos:
Para cada k, interesa conseguir, por una parte, los motivos conservados tanto en el grupo 1 com en el 2, y por otro lado, los motivos exclusivos de cada grupo. Con esta finalidad se han utilizado las órdenes sort, join, gawk y egrep. A continuación, se muestra un ejemplo de las órdenes utilitzadas para k = 4.
- Para encontrar los motivos conservados comunes y su ocurrencia:
- Para identificar la procedencia de los motivos de cada grupo:
- Para encontrar los motivos exclusivos de cada grupo:
Los resultados obtenidos se recogen en la siguiente tabla:
Longitud motivo (k) | Motivos comunes | Motivos exclusivos | |
---|---|---|---|
4 | comuns4.txt | 4consens.txt | 4noconsens.txt |
5 | comuns5.txt | 5consens.txt | 5noconsens.txt |
6 | comuns6.txt | 6consens.txt | 6noconsens.txt |