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Programa 1:

De los 163 intrones analizados, hay 76 en el grupo 1 (consens.txt) y 87 en el grupo 2 (noconsens.txt). Los ficheros obtenidos para cada intrón tienen una primera línia con la posición del branch-site (si existe), una segunda línia con la especie 'Sc' y la secuencias correspondientes; y una tercera línia con los astericos.

En este fichero se destacan las señales reguladoras de splicing consenso para el grupo 1 de intrones: donor-site (rojo), branch-site (verde) y acceptor-site (azul). De esta forma se confirma la fiabilidad de los resultados obtenidos con el programa primero.pl.

Programa 2:

Después de ejecutar el programa para encontrar motivos de k = 4, 5 o 6, hemos obtenido los resultados siguientes (adjuntos en la tabla):

Longitud motivo (k) Grupo consenso Grupo no consenso
4 consens4.txt noconsens4.txt
5 consens5.txt noconsens5.txt
6 consens6.txt noconsens6.txt

Análisis de los datos:

Para cada k, interesa conseguir, por una parte, los motivos conservados tanto en el grupo 1 com en el 2, y por otro lado, los motivos exclusivos de cada grupo. Con esta finalidad se han utilizado las órdenes sort, join, gawk y egrep. A continuación, se muestra un ejemplo de las órdenes utilitzadas para k = 4.

- Para encontrar los motivos conservados comunes y su ocurrencia:

  • $ sort consens4.txt > cons4.txt | sort noconsens4.txt > nocons4.txt
  • $ join cons4.txt nocons4.txt > comuns4.txt

- Para identificar la procedencia de los motivos de cada grupo:

  • $ gawk '{print $1 "\t" $2 "\tgrupo1"}' consens4.txt | sort > consens4g.txt
  • $ gawk '{print $1 "\t" $2 "\tgrupo2"}' noconsens4.txt | sort > noconsens4g.txt

- Para encontrar los motivos exclusivos de cada grupo:

  • $ join -a 1 consens4g.txt noconsens4g.txt | egrep -v grupo2 | sort -nrk2 | cut -d ' ' -f 1-2 > 4consens.txt
  • $ join -a 2 consens4g.txt noconsens4g.txt | egrep -v grupo1 | sort -nrk2 | cut -d ' ' -f 1-2 > 4noconsens.txt

Los resultados obtenidos se recogen en la siguiente tabla:

Longitud motivo (k) Motivos comunes Motivos exclusivos
4 comuns4.txt 4consens.txt 4noconsens.txt
5 comuns5.txt 5consens.txt 5noconsens.txt
6 comuns6.txt 6consens.txt 6noconsens.txt

Los ficheros "motivos comunes" obtenidos para cada k, contienen el motivo (columna 1 de los ficheros), su ocurrencia en intrones del grupo 1 (columna 2 de los ficheros) y del grup 2 (columna 3 de los ficheros). Los ficheros "motivos exclusivos" contienen el motivo (columna 1 de los ficheros) y su ocurrencia (columna 2 de los ficheros).