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Tanto primero.pl como segundo.pl han demostrado su utilidad y eficacia a lo largo del trabajo. En primer lugar, la comprovación manual de los resultados corroboran el funcionamento correcto del programa primero.pl. En segundo lugar, los resultados obtenidos con segundo.pl han proporcionado buenos candidatos a ser señales alternativas en la regulación del splicing.
En relación al segundo programa, el parámetro k es muy importante porque determina la sensibilidad y la especificidad de la búsqueda. Como mayor sea la k, la búsqueda será más restrictiva.
Por lo que respeta a la información relativa al splicing, los resultados obtenidos permiten especular pero no permiten extraer conclusiones definitivas; se tendrían que realizar estudios más exhaustivos.
De 163 intrones analizados, 76 presentan las 3 señales de splicing consenso conservadas en las 4 especies: donor-site GTATGT, branch-site TACTAAC y acceptor-site C/T AG. Los restantes 87 intrones, difieren almenos en una de estas señales. Esta distribución sugiere que los snRNAs pueden adaptarse a ligeras variaciones en las señales de splicing; es decir, las señales consenso en que nos basamos no son un patrón que se deba seguir estrictamente en todas las levaduras para que el proceso tenga lugar.
La alta conservación de los nucleótidos AC del branch-site respecto a la baja conservación del donor-site es consistente con los resultados que otros investigadores han encontrado hasta ahora: la constancia de la A en el final del branch-site.
El motivo poliT se encuentra conservado en todos los intrones; recogiendo la información de estudios anteriores, se considera que puede tener un papel en la regulación del proceso, como por ejemplo, regular el splicing alternativo.
Se han encontrado otros señales con función desconocida, entre las que destaca el motivo poliA.
Para estudios posteriores se propone conseguir un modelo más complejo, que incluya más especies de levaduras entre las que se conozca la distancia filogenética e incluir más parámetros, como la localización de los motivos que se comparen. Esto nos permitirá diferenciar entre motivos altamente repetidos en un mismo intrón y aquellos que realmente tienen una función biológica importante. Cuando se conozcan más datos sobre el proceso, se podrán diseñar experimentos de laboratorio para corroborarlo.
AGRADECIMIENTOS A nuestro tutor Eduardo Eyras, por su ayuda y paciencia.
A todos los profesores del departamento de Bioinformática, muy especialmente a Miguel Pignatelli, Robert Castelo y Charles Chapple.
A los compañeros de clase por su ayuda y apoyo ( y consuelo y chistes) en los momentos críticos.