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Los snRNAs disponen de secuencias que reconocen y se unen por complementariedad a tres señales específicas que determinan el lugar de corte entre el exón y el intrón: los primeros nucleótidos 5' del intrón (donor site), los últimos nucleótidos en 3' del mismo intrón (acceptor site) y una secuencia de nucleótidos entre estas dos señales (branch site), normalmente entre 25 y 50 bases antes del acceptor site.
CU(A/G)A(C/U), conservándose A en todos los genes. En más del 60% de los casos, el exón tiene (A/C)AG en el donor site y G en el acceptor-site (Fig1).
La maquinaria y el proceso de splicing están altamente conservados en eucariotes, mientras que las señales difieren ligeramente entres especies. En el caso de las levaduras, las señales de splicing están más conservadas que entre vertebrados. Basandonos en el artículo de Bon et al. tomaremos las sigientes señales como señales consenso en levaduras: