Aquest és un programa d'alineament global de seqüències basat en l'algoritme de programació dinàmica.
La gran ventatja d'aquest és que se li poden aplicar diferents valors per l'obertura o extensió de gap mantenint una complexitat quadràtica.
El programa està escrit en PERL, un llenguatge de programació no compilat, la qual cosa pot disminuir el temps de resolució de l'alineament.
Els passos principals que segueix el programa són:
- Adquisició de les seqüències:
- Escaneja seqüèncias en format FASTA
- Les procesa afegint-los un gap a l'inici
- Adquisició de la matriu de pessos:
- La guarda en una estructura de HASH
- Creació de la matriu d'alineament:
- Es crea una única matriu tridimensional que es comporta com a sis matrius bidimensionals independents
- En la primera es guarda el valor màxim de cada alineamet possible a partir dels alineaments anteriors
- En la segona enmagatzemem els moviments necessaris en diagonal 'diagonal', cap amunt 'dalt' i cap a l'esquerra 'esquerra' que són necessaris per reconstruir la matriu.
- En la tercera i la quarta guardem els valor d'extendre alineaments des de l'esquerra i des de dalt respectivament des de l'ultim inici de GAP
- En la cinquena i la sexta guardem els valor de quants salts són necessaris per acumular les puntuacións registrades en cada posiciò de la tercera i la quarta matriu respectivament. D'aquesta manera reduim la complexitat de l'algorisme d'extendre alineaments des de l'esquerra i des de dalt. A canvi d'això però; augmentem la necessitat de memòria
- A partir de la matriu de reconstrucció recomposem les dues seqüències amb els nous gap afegits i creem un vector de similituts
- Imprimim el resultat en format CLUSTAL
- Calculem la identitat, similaritat i número de gaps de les seqüències
Per ultim, per tal de facilitar la comprensio al usuari aci hi ha un exemple de l'execucio del programa:
EXEMPLE D'UN ALIENEAMENT GLOBAL DE PARELL DE SEQUENCIES
L'usuari podra accedir al codig del programa a travès del seüent link: LINK EN PROGRAMA