INTRODUCCIÓ
- En cert sentit la biologia s'ha convertit en una Ciencia de la informació en la que l'informàtica juga un paper crucial tant en l'obtenció de les dades primaries, així com en el seu emmagatgematze, anàlisis i integració. Per a fer front a les especificitats que el tractament d'aquestes dades comporta ha emergit recentment una nova disciplina científica, la BIOINFORMATICA, en la intersecció entre biologia i computació.
- L'alineament de seqüències ès una de les eines computacionals emprades mes ampliament dins el camp de la Biologia Computacional. La implementació de l'algoritme d'alineament global de dues seqüències permet entendre en profunditat la naturalesa dels resultats que obtenim quan utilitzem eines d'alineament.
- L'alineament de seqüències és un dels tipus d'anàlisis de seqüències més utils en el món de la biologia. Les proteines poden compartir seqüències patrons que representen dominis funcionals. De la mateixa manera seqüències d'acids nucleics com poden ser seqüències de promotors, poden tenir patrons curts que representen llocs d'unió per a factors de transcripció.
- Hi ha molts camins per alinear dues seqüències, trobar el millor o l'optim deu anar precedit de la tria d'un sistema de SCORE per als alineaments i després utilitzar un programa que trove el SCORE més alt per a l'alineament.
- Per a proteïnes, el sistema de SCORE que s'utilitza de manera mes comuna, consisteix en una taula de SCORS positius i negatius (matrius de substitució) per a totes les possibles substitucions d'aa basades en en substitucions d'aa de sequencies de proteines ja estudiades, així com d'un SCORE de penaltitzacio gap pel fet de introduir gaps en l'alineament.
- Per a seqüències de DNA, s'utilitza simplement un SCORE positiu per als match i un SCORE negatiu per als mismatch/gap penalty. Pero tot i així hi ha mes d'un possible alineament final com a resultat.
- Hi ha varis mètodes per trobar l'alineament final entre dues seqüències, en el nostre cas hem triat el mètode anomenat algoritme de programacio dinamica. Aquest algoritme soluciona el problema de trobar l'alineament optim entre dues seqüències gracies a desglosar l'alineament en una serie de subalineaments. Podrem calcular l'alineament optim entre dues subseqüències, a partir de la puntuació dels alineaments optims entre subseqüències mès xicotetes, permetent-nos calcular de manera recursiva les puntuacions dels alineaments optims entre tots els parells de subeqüències de les seqüències originals.
- Per a una major compressió del funcionament del programa anar-hi al GLOSSARI.