EXEMPLE D'ALINEAMENT GLOBAL DE DUES SEQUENCIES
Per tal d'entendre el programa millor explicarem els passos que s'hi donen fins obtindre l'alineament de dues seqüències.
- Introduir dues sequencies en format FASTA.
>seq_ex1 KKEAWD
>seq_ex2 KSDAYW
- Triar la matriu de substitució. En el nostre exemple triem la BLOSUM62.
- Tiar la penalització per al gap d'obertura i per al d'extensió. En este cas serà -4 i -1 respetivament.
- El programa creara una matriu en la que en cada posició hi haurà la
puntuació màxima entre les possibilitats de que l'alineament ens vingui de l'esquerra, de dalt o de la diagonal:
- K K E A W D - final esquerra esquerra esquerra esquerra esquerra esquerra K dalt diagonal diagonal diagonal diagonal diagonal diagonal S dalt dalt diagonal diagonal diagonal esquerra esquerra D dalt dalt dalt diagonal esquerra esquerra esquerra A dalt dalt dalt dalt diagonal esquerra esquerra Y dalt dalt dalt dalt dalt diagonal esquerra W dalt dalt dalt dalt dalt diagonal esquerra - Partint de la última posició d'aquesta matriu recuperarem l'aliniament òptim final que será en format CLUSTAL, mostrant sota cada parella de lletres alineades, un símbol:
-(*)si alinea els mateixos amino acids.
-(:) si la puntuació de l'alineament és positiva.
-( )si la puntuació és negativa o alinea amb gap.
Per últim donarem un score, així com el percentatge d'identitat %.
Identitat 42,85%
Score 12 seq_ex100 KKEA-WD seq_ex200 KSDAYW- *::* *