Les dades provinents del Geneid presentaven el format gff mentre que les dades del Genscan, el GrailXP i el FGenesH van ser passades a aquest format mitjançant diferents comandes d'awk.
Aquests arxius en format gff es van passar a un únic arxiu en format ps utilitzant el programa gff2ps i posteriorment a png mitjançant una altra comanda per tal de visualitzar-lo:
Mapa 2. Prediccions gèniques
Per contra, hi ha grans diferències en les prediccions dels diferents programes en la resta de la seqüència. Concretament, el programes Geneid i Genscan prediuen dos gens, tot i que difereixen en la seva longitud i localització (p.e. el gen 3 predit per Genscan englobaria totes les altres prediccions en forward); i Grail en prediu set, tot i que un d'ells presenta tres variants. A diferència de tots els altres programes, FGenes prediu quatre gens en forward i dos gens més en reverse
En la següent taula s'han anotat els diferents gens predits per cada programa, la seva direcció i les coordenades d'inici i final de cadascun:
Per tal de determinar l'existència de gens en la seqüència a estudiar es van fer servir diversos programes de predicció de gens i es van obtenir les següents prediccions:
Observant aquest mapa podem dir que tots quatre programes han coincidit a l'hora de predir un gen al voltant de la posició 17.000 en reverse tot i que la seva longitud varia segons el programa utilitzat.
| Programa | Gen predit | Direcció | Inici | Final |
2 3 |
reverse
forward forward |
75.601
80.994 92.227 |
6.474
86.821 483.933 |
|
2 3 4 |
reverse
forward forward reverse |
84.558
136.706 365.207 482.806 |
17.179
258.717 447.000 482.559 |
|
2 3 4 5 6 7 |
reverse
reverse forward reverse forward forward forward |
84.632
137.028 155.409 294.987 311.693 396.798 438.272 |
18.040
117.053 258.791 274.813 392.398 433.142 452.874 |
|
2 3 4 5 6 7.1 7.2 7.3 8 9 |
reverse
reverse forward forward forward forward forward forward forward reverse reverse |
18.717
55.029 136.543 237.167 265.029 299.109 374.164 374.164 374.164 151.760 482.765 |
17.128
19.753 137.071 259.323 265.509 299.499 452.133 442.114 452.133 151.545 482.559 |
Posteriorment es va realitzar un altre mapa que contenia les regions repetitives representades en una única línia, mitjançant una altra comanda d'awk, i les quatre prediccions obtingudes anteriorment:
Mapa 3. Prediccions gèniques i repeticions
Observant el mapa podem dir que les prediccions de gens donades pels diferents programes coincideixen amb aquelles regions on la densitat de seqüències repetitives és menor, la qual cosa suporta una adequada predicció gènica.
 |
 |
 |