El mètode de les matrius de pesos (PWM, Position Weight Matrix) és una aproximació que permet determinar aquells candidats amb la funció a estudiar dins d'una seqüència de DNA.
Les matrius de pesos es construeixen prèviament al seu ús, a partir de seqüències ja caracteritzades que seran utilitzades com a patró per comparar-hi les seqüències problema.
Inicialment, es construeix una matriu de freqüències absolutes, en les que s'indica el nombre de vegades que apareix un nucleòtid determinat (A, C, T o G) en una posició concreta d'un site funcional real.
Posteriorment, cada element de la matriu es divideix pel nombre total de seqüències utilitzades per construir-la, obtenint així la matriu de freqüències relatives, que indica la probabilitat que té cada nucleòtid d'aparèixer en una posició concreta.
El pas següent és el càlcul del logaritme de la raó de versemblança (log-likelihood ratio) de cada nucleòtid, definida com el quocient entre la probabilitat abans calculada i la probabilitat de cada nucleòtid assumint que tots apareixen amb la mateixa freqüència
(p = 0.25). Així, obtenim la matriu de pesos.
Per últim, es determina l'score de cada nucleòtid de les seqüències problema sumant la raó de versemblança per a cadascun, indicada en la matriu de pesos.
És obvi que obtindrem alguns candidats amb scores baixos. Són els formats per bases en les que la probabilitat de trobar-se en la posició concreta d'un site funcional és menor que 0.25. És per aquest motiu que es fa important determinar un valor llindar o threshold per augmentar l'astringència dels resultats.
Matrius de pesos: TATA box i GC box (TRANSFAC) Matrius de pesos 
