En organismes eucariotes, la regulació de l'expressió dels gens és actualment un dels processos biològics menys coneguts degut, principalment, a la seva complexitat i al gran nombre de factors diferents que hi participen.
Essencialment, es creu que el punt de control més important d'aquest mecanisme és la transcripció de DNA a RNA, tot i que es sospita que altres tipus de controls, bé pre-transcripcionals (com l'estructura dels cromosomes, el moviment dels nucleosomes, les illes CpG o la metilació) o post-transcripcionals (transport i degradació del mRNA, regulacióde la proteína sintetitzada), també poden jugar-hi un paper rellevant.
La transcripció d'un gen eucariota és portada a terme per la RNA polimerasa II.
La regulació de l'inici d'aquest procès consisteix en dues etapes:
Atracció de la polimerasa cap al lloc d'inici de la transcripció, gràcies al reconeixement de la seqüència promotora per part d'un seguit de factors generals de transcripció (FTs).
Avui en dia, coneixem milers de FTs, les seqüències a les que s'uneixen de manera preferent alhora, amb la publicació dels genomes de mosca, humà i ratolí, disposem de la gran majoria de potencials regions reguladores. Per això, es fa necessari el tractament bioinformàtic de totes aquestes dades, que ens permetrà predir les combinacions de FTs que regulen específicament cada gen a partir dels seus llocs d'unió.
Una aproximació molt utilitzada consisteix en l'ús de matrius de pesos, prèviament derivades de coleccions de binding sites reals, per construir una llista de possibles llocs d'unió dels FT al llarg d'una seqüència promotora.
Dins la base de dades TRANSFAC existeix la colecció més gran de matrius de pesos per llocs d'unió DNA/proteína.
El procés de transcripció
El programa LookUpstream
Bibliografia i links d'interès
TRANSFACNCBI
The TRANSFAC system on gene expression regulation
(E. Wingender et al. Nucleic Acids Research, 2001, Vol. 29, No. 1 281-283)
Inici
Universitat Pompeu Fabra
Febrer i Març de 2002