Abstract

Introducció

Materials i mètodes

Resultats

Discussió

Conclusions

Referències

Agraïments

Autores

CONCLUSIONS

En aquest projecte s’ha fet una recerca extensiva en l’espècie del Miniopterus natalensis per tal de trobar selenoproteïnes, homologia en cisteïnes i maquinària per a la síntesi d’aquest tipus de proteïnes. La predicció dels gens ha estat completament automatitzada, agafant com a proteïnes de refèrencia l’espècie Myotis lucifugus i Mus musculus, ja que el microbat és una espècie filogenèticament propera a Miniopterus i el ratolí té una bona anotació del genoma.

A part de la predicció automatitzada realitzada amb el programa que s’ha dissenyat amb el nom d’script, també hi ha hagut una altra predicció per tal de trobar els elements SECIS en la zona 3’-UTR, ja que sabem que són essencials en totes les selenoproteïnes, i una predicció Seblastian per comparar els resultats obtinguts per tal que la discussió fos més fiable.

Finalment s’han trobat els següents elements:

Com a selenoproteïnes s’han determinat: Sel15, GPx1, GPx2, GPx3, DIO1, DIO2, DIO3, MSRB1, SELENOH, SELENOI, SELENOM, SELENON, SELENOO, SELENOP, SELENOS, SELENOT i TXNRD.

Respecte a les homologues de cisteïna s’han identificat: GPx5, GPx6, GPx7, MsrA, MSRB2, SELENOK i SELENOU

Les proteïnes que formen part de la maquinària per a la síntesi de selenoproteïnes són: SBP2, SECp43, SecS, PSTK i SEPHS2.

D’altra banda s’han perdut les selenoproteïnes en els següents gens: eFSec, SEPHSi SELENOW.

Cal tenir en compte que per a fer una bona predicció és necessari que els genomes de les espècies, així com la determinació de les selenoproteïnes, estiguin ben anotats. A més, algunes de les proteïnes que s’han fet servir com a query no tenien especificada la subfamília, de tal forma que no l’hem pogut especificar en les nostres prediccions. Així mateix, tot i que el procés ha estat automatitzat mitjançant eines informàtiques, bona part de la discussió es fonamenta en la pròpia interpretació dels resultats, que sovint pot patir biaixos. Fa falta una major i més acurada determinació de les selenoproteïnes en les espècies per a poder tenir una extensa base de dades amb les quals comparar el genoma; a més, hem de tenir en compte que una limitació tangent a l’hora de comparar un genoma determinat amb altres espècies és que no podem descobrir més selenoproteïnes que les que estiguin anotades en aquella espècie en concret. Per tal de tenir una base completa d’una espècie en concret, s’hauria de fer un screening intensiu del genoma complet.