Recerca de selenoproteïnes en l’Odobenus rosmarus divergens

L'objectiu principal d'aquest estudi és la localització dels gens que codifiquen per selenoproteïnes en el genoma d'Odobenus rosmarus divergens, també anomenat comunament com a morsa.

Les selenoproteïnes són una família de proteïnes caracteritzades per incloure en la seva seqüència un aminoàcid que conté un àtom de seleni (Se), la selenocisteïna (Sec). El Seleni té un paper fonamental en el metabolisme de l'ésser humà i dels animals a través de les anomenades selenoproteïnes. Aquestes proteïnes tenen un gran nombre de funcions essencials en processos cel·lulars, com l'activació de la resposta immunitària o la protecció davant dels radicals lliures. L'aminoàcid selenocïsteina està codificat pel codó UGA, el qual també té la funció de codó STOP en condicions normals i, en conseqüència és l'encarregat de parar el procés de generació de proteïnes. A causa d'aquesta doble funció del codó, l'anotació i la predicció de selenoproteïnes en el genoma és complicada i habitualment equívoca.

En aquest treball s'ha desenvolupat un programa bioinformàtic en Perl que automatitza el procés de cerca de selenoproteïnes. Aquest programa integra eines com BLAST, Exonerate, i T-Coffee. Gràcies a la realització d'aquest estudi, es proporciona nova informació en l'àmbit de les selenoproteïnes en una espècie anteriorment no descrita.

El objetivo principal de este estudio es la localización de los genes que codifican para selenoproteinas en el genoma del Odobenus rosmarus divergens, también conocido comunmente como morsa.

Las selenoproteinas son una família de proteinas caracterizadas por tener en su secuencia un aminoácido que contiene un átomo de selenio (Se), la selenocisteína (Sec). El selenio tiene un papel fundamental en el metabolismo del ser humano y de los animales a través de las conocidas selenoproteinas. Estas proteinas tienen un gran número de funciones esenciales en procesos celulares, como por ejemplo la respuesta immunitaria o la protección ante los radicales libres. El aminoácido selenocisteína está codificado por el codón UGA, el cual también tiene la función de codón STOP en condiciones normales y, en consecuencia es el encargado de parar el proceso de generación de proteinas. A causa de esta doble función del codón, la anotación y la predicción de las selenoproteinas en el genoma es complicada y habitualmente equívoca.

En este trabajo se ha desarrollado un programa bioinformático en Perl que automatiza el proceso de cerca de selenoproteinas. Este programa integra herramientas como BLAST, Exonerate, y T-Coffee. Gracias a la realización de este estudio, se proporciona nueva información en el ámbito de las selenoproteinas en una especie anteriormente no descrita.

The main objective of this study is to locate genes that encode selenoproteins in the genome of Odobenus rosmarus divergens , commonly known as walrus.

Selenoproteins are a family of proteins characterized by having an aminoacid sequence which contains an atom of selenium (Se), the selenocysteine (Sec). Selenium plays a fundamental role in the metabolism of humans and animals through the known selenoproteins. These proteins have a large number of essential functions in cellular processes, such as immunitary response or protection against free radicals. The aminoacid selenocysteine ​​is encoded by the UGA codon, which also has the function of STOP codon under normal conditions and thus is responsible for stopping the process of protein generation. Because of this dual function codon, annotation and prediction of the selenoproteins in the genome is complex and many times ambiguous.

In this study, it has developed a bioinformatic Perl script that automates the process of searching selenoproteins. This program integrates tools such as BLAST, Exonerate, and T-Coffee. Thanks to this study, new information in the field of selenoproteins in a species not previously described is provided.