CONCLUSIONS
L’objectiu d’aquest projecte ha estat predir i analitzar totes les selenoproteïnes i proteïnes de maquinària del genoma de Python bivittatus, una espècie de serp originària de les selves i els pantans del sud-est asiàtic. Per fer-ho, hem utilitzat els programes tBLASTn, Exonerate, T-COFFEE i Seblastian.
Per obtenir les seqüències problema a buscar en el genoma de P. bivittatus, hem consultat la base de dades selenoDB, on hem trobat les selenoproteïnes de les espècies Anolis carolinensis i Homo sapiens. Anolis carolinensis és una espècie molt propera filogenèticament a la nostra, i per això, hem partit de la base que podriem trobar moltes selenoproteïnes semblants entre elles. Des d’un principi, la nostra idea era alinear les selenoproteïnes del llangardaix Anolis, però degut a errors d’anotació en aquesta espècie, en alguns casos hem hagut de recórrer a les proteïnes d’Homo Sapiens. [1]
Segons els nostres resultats podem afirmar que Python bivittatus presenta 24 selenoproteïnes i 3 proteïnes homòlogues en cisteïna: GPx7, GPx8 i MsrA. A més, en l’anàlisi realitzat, hem trobat 7 proteïnes de maquinària, de les quals una d’elles (SPS2) és una de les 24 selenoproteïnes de la pitó.
-SELENOPROTEÏNES: Sel15, GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, DI1, DI2, DI3, SelH, SelI, SelK, SelM, SelN, SelO, SelP, SelR1, SelS, SelT, SelU1, SelW, Tr1, Tr2, Tr3 i SPS2.
-HOMÒLOGUES EN CISTEÏNA: GPx7, GPx8, MsrA.
-MAQUINÀRIA: eEFSec, PSTK, SecS, SPS1, SPS2, Secp43, SBP2.
Una vegada analitzades, es va realitzar un estudi mitjançant Seblastian per observar la presència d’elements SECIS en l’extrem 3’UTR dels gens predits. En la majoria de casos, es confirma la presència d’una selenocisteïna amb la presència d’un element SECIS. Tot i que, Gpx1 i Gpx3 contenen selenocisteïna i no tenen un element SECIS, i SPS1 té un element SECIS tot i no ser una selenoproteïna.
Per últim, ens agradaria remarcar les limitacions d’aquest treball. La primera és que tot el nostre estudi es basa en comparacions per homologia; això vol dir que només hem pogut identificar les selenoproteïnes anotades en les altres espècies. Podria ser que P. bivittatus tingui altres selenoproteïnes addicionals que encara no han estat anotades.
Una altra limitació d’aquest estudi és que la majoria de les selenoproteïnes en espècies ortòlogues no estan ben anotades, per tant, vam haver de recórrer a les selenoproteïnes de l’espècie humana, ja que el seu selenoproteoma està molt més investigat. També cal remarcar que les bases de dades de selenoproteïnes, com ara la SelenoDB o NCBI, tenen unes anotacions incompletes, per això, a l’hora d’executar el t-coffee es formaven gaps al principi o final de la cadena peptídica.
Amb aquest projecte hem pogut adquirir les suficients competències per entendre determinades bases de dades, diversos programes que relacionen la informàtica amb la biologia i com realitzar una pàgina web html. És un projecte que, per tal de dur-lo a terme, hem hagut de generar una gran quantitat de dades i és per això que surt a la llum la gran importància de la bioinformàtica.