Resum
L'objectiu d'aquest estudi és identificar les selenoproteïnes en el genoma de Nannospalax galili. És un mamífer rosegador de vida subterrània que pertany a la família de les rates talp cegues.
Les selenoproteïnes es caracteritzen per incloure com a mínim una selenocisteïna, un aminoàcid que conté un àtom de seleni i està codificat pel codó UGA. La incorporació d'aquest aminoàcid a la selenoproteïna es realitza mitjançant factors trans (Sec tRNA) i una estructura stem-loop en cis anomenada SECIS.
L'anotació de les selenoproteïnes s'ha dut a terme a partir d’un programa automatitzat que inclou les accions del tBLASTn, de l'exonerate i del T-Coffee. La cerca d'elements SECIS s'ha fet amb el programa SECISearch3. En total, s'han trobat 18 selenoproteïnes, observant algun guany o pèrdua respecte el genoma d'Homo sapiens i el d'Echinops telfairi.
Resumen
El objetivo de este estudio es identificar las selenoproteínas en el genoma de Nannospalax galili. Es un mamífero roedor de vida subterránea que pertenece a la família de las ratas topo ciegas.
Las selenoproteínas se caracterizan por incluir como mínimo una selenocisteína, un aminoácido que contiene un átomo de selenio y está codificado por el codón UGA. La incorporación de este aminoácido a la selenoproteína se realiza mediante factores trans (Sec tRNA) y una estructura stem-loop en cis llamado SECIS.
La anotación de selenoproteínas se ha realizado a partir de un programa automatizado que incluye las acciones del tBLASTn, del exonerate y del T-Coffee. La búsqueda de elementos SECIS se ha hecho con el programa SECISearch3. En total, se han encontrado 18 selenoproteínas, observando alguna ganancia o pérdida respecto al genoma de Homo sapiens y de Echinops telfairi.
Abstract
The main goal of this study is to identify selenoproteins in Nannospalax galili genome. It is a subterranian mammal that belongs to the blind mole rat family, a clade of muroid rodents.
Selenoproteins include at least one selenocystein, a selenium-containing amino acid encoded by UGA codon. This amino acid is incorporated by trans factors (Sec tRNA) and an stem-loop structure in cis known as SECIS.
Anntotation of selenoproteins was carried out from an automatized program which includes tBLASTn, exonerate and T-Coffee actions. SECIS elements search was done with the program SECISearch3. In total, 18 selenoproteins were found, observing some gain or loss compared to Homo sapiens and Echinops telfairi genomes.