Resum
L'objectiu d'aquest projecte és anotar totes les selenoproteïnes en el genoma del dimoni de Tasmània (Sarcophilus harrisii). Aquest tipus de proteïnes contenen l'aminoàcid selenocisteïna en la seva seqüència, que és l'aminoàcid 21 i té la nomenclatura de Sec o U. La selenocisteïna està codificada pel codó UGA, que normalment és un codó de terminació de la traducció. Per tal d'evitar aquest error les selenoproteïnes necessiten la presència d'una estructura secundària de RNA, anomenada element secis. Aquest element es troba a la regió 3'UTR del mRNA de les selenoproteïnes.
A part de buscar les selenoproteïnes, també hem buscat les proteïnes que participen en la seva traducció, és a dir, la maquinària de síntesis de les selenoproteïnes. Finalment, també hem buscat si en el nostre genoma existeix el tRNA de selenocisteïna.
Per tal de realitzar la nostra cerca hem utilitzat diferents eines bioinformàtiques: BLAST, Exonerate, Genewise, T-Coffee, SecisSearch, Selenoprofiles i tRNAscan-SE. La integració dels resultats de totes elles ens ha portat a la predicció de diverses selenoproteïnes i la seva maquinària.
Abstract
The aim of our project is to find all the selenoproteins in the genome of the Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii). These proteins contain the selenocistein aminoacid in their sequence, which is known as the 21 aminoacid and has the nomenclature of Sec or U. The selenocistein aminoacid is codified by the UGA codon, which usually is a translation stop codon. Therefore, selenoproteins need a RNA secondary structure, which is called secis element, to achieve the correct transcription of the selenocistein UGA codon. This element is located in the mRNA 3'UTR region of selenoproteins.
Furthermore, we have tryed to find the proteins that are involved in the synthesis of selenoproteins: the selenoprotein synthesis machinery. We have also looked for the tRNA of selenocistein in the genome of the Tasmanian devil.
In our search we have used different bioinformatic tools such as BLAST, Exonerate, Genewise, T-Coffee, SecisSearch, Selenoprofiles and tRNAscan-SE. The integration of all those results lead us to the prediction of several selenoproteins, as well as its synthesis machinery.