Conclusions
L'objectiu inicial del nostre treball era anotar les selenoproteïnes en el genoma de Sarcophilus harrisii. Abans de començar la cerca vam realitzar una hipòtesi sobre quines proteïnes esperàvem trobar, segons la filogènia de les selenoproteïnes. Dins d'aquest grup de proteïnes hi havia: DI1, DI2, DI3, GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, Sel15, SelH, SelI, SelK, SelM. SelN, SelO, SelP, SelPb, SelR1, SelS, SelT, SelW1, SPSa, SPS2b, TR1, TR2, TR3. Després de realitzar la cerca manual, és a dir, mitjançant l'ús de diferents programes (tBLASTn, Exonerate, Genewise...) de forma seqüencial, hem trobat les següents selenoproteïnes: DI1, DI2, DI3, GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, Sel15, SelH, SelI, SelK, SelN, SelO, SelP, SelR1, SelS, SelT, TR1, TR2, TR3. En aquest mateix procés també hem trobat els següents homòlegs amb cisteïna: GPx7, GPx8, MsrA, SelR2, SelR3, SelU1, SelU2, SelU3, SelW2. Aquesta cerca es pot realitzar mitjançant comandes senzilles, però nosaltres vam optar per automatitzar el procés, tot creant programes amb perl i bash.
Comparant els resultats obtinguts amb la hipòtesi inicial, es pot veure que hem aconseguit anotar la majoria de les selenoproteïnes. Tot i això, també n'hi ha hagut algunes que hem tingut alguns problemes a l'hora d'anotar-les. En primer lloc, esperàvem trobar SelW1, però només hem aconseguit una predicció amb el Selenoprofiles (amb la cerca manual només hem trobat el seu homòleg amb cisteïna, SelW2). En segon lloc, la proteïna SelPb només l'hem pogut localitzar mitjançant el programa Selenoprofiles (la cerca manual d'aquesta proteïna no ens ha donat cap resultat).
Finalment, la proteïna SelM, que la vam trobar mitjançant la cerca manual, no hem pogut determinar si es tracta, o no, d'una selenoproteïna.
A més de les proteïnes hipotetitzades inicialment també en vam buscar d'altres per curiositat, i no les hem trobat: Fep15, SelJ, SelL, SelV.
En darrer lloc, també hem trobat el tRNA corresponent a la selenocisteïna, així com també les proteïnes de la maquinària (eEFsec, pstk, SBP2, SECp43, SecS, SPS1, SPS2, SPS2b). Ambdues coses són necessàries per a la traducció de les proteïnes i, per tant, donen suport al fet d'haver trobat selenoproteïnes.