Discussió

MAQUINÀRIA

pstk

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu i les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise.

En aquest cas, vam obtenir només un hit amb el BLAST: la proteïna Pstk es troba a l'scaffold GL834457.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 7016 nucleòtids, que inclouen cinc exons i quatre introns, i una raw score de 913.
  • La predicció de genewise té 7016 nucleòtids, que inclouen cinc exons i quatre introns, i té una puntuació de 347.05 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen la mateixa proteïna.

Tenint en compte que no es tracta d'una selenoproteïna, no s'ha trobat cap selenocisteïna ni element secis, tal com s'esperaria.



Selenoprofiles

Per aquesta proteïna de la maquinària, el Selenoprofiles troba dos hits diferents. Un concorda amb l’scaffold de la proteïna que hem trobat nosaltres (tot i que les posicions inicials i finals no concorden, però l'extensió és mes o menys igual).

L'altre hit que ens dóna el Selenoprofiles (pstk.6) està categoritzat pel programa com a pseudoproteïna. Aquest hit consta de dos exons de 179 i 188 nucleòtids, amb un alineament regular. El problema és que els separa un canvi del marc de lectura.

Podria ser que pstk tingués un petit domini duplicat i el veiéssim en aquest hit. No vam trobar aquest hit al blast inicial.