Recerca de selenoproteïnes en el genoma del dimoni de Tasmània

Família SelU

Aquesta família està formada per tres proteïnes: SelU1, SelU2 i SelU3. La primera d'elles ens ha donat dos possibles hits, un dels quals l'hem descartat perquè dóna lloc a un alineament molt millor amb SelU3. La segona d'elles només ens ha donat un hit possible. I, finalment, la tercera ens ha donat dos hits, que després d'analitzar-los hem vist que un corresponia a l'inici de la proteïna i l'altre al final.

SelU1

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, la proteïna SelU1 es troba a l'scaffold GL835018.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

• La predicció d'exonerate té 21572 nucleòtids, que inclouen cinc exons i quatre introns, i una raw score de 890.
• La predicció de genewise té 21572 nucleòtids, que inclouen cinc exons i quatre introns, i té una puntuació de 349.42 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen la mateixa proteïna.

La proteïna d'Homo sapiens no té una selenocisteïna, sinó que té una cisteïna, que es troba conservada en la nostra proteïna en el segon exó predit tan per exonerate com per genewise.

El programa secisSearch no ha trobat cap element secis a l'extrem 3' de la proteïna predita, cosa que tampoc és contradictòria perquè la proteïna no té selenocisteïna i, per tant, no és necessari.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelU1:

SelU2

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, la proteïna SelU2 es troba a l'scaffold GL841475.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

• La predicció d'exonerate té 20019 nucleòtids, que inclouen sis exons i cinc introns, i una raw score de 831.
• La predicció de genewise té 20019 nucleòtids, que inclouen sis exons i cinc introns, i té una puntuació de 317.42 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen la mateixa proteïna.

La proteïna d'Homo sapiens no té una selenocisteïna, sinó que té una cisteïna, que es troba conservada en la nostra proteïna en el segon exó predit tan per exonerate com per genewise.

El programa secisSearch no ha trobat cap element secis a l'extrem 3' de la proteïna predita, cosa que tampoc és contradictòria perquè la proteïna no té selenocisteïna i, per tant, no és necessari.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelU2:

SelU3

Aquesta proteïna es troba partida en dos scaffolds diferents. Això és degut al fet que el genoma del dimoni de Tasmània es troba seqüenciat mitjançant scaffolds i no cromosomes i, per tant, no tots els gens es troben de forma continua.

A la taula es pot observar a quins scaffolds es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu en cada cas, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, l'inici de la proteïna SelU3 es troba a l'scaffold GL853794,1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

• La predicció d'exonerate té 239 nucleòtids, que inclou un exó, i una raw score de 292.
• La predicció de genewise té 206 nucleòtids, que inclou un exó, i té una puntuació de 134.88 bits.

Les dues prediccions acaben al mateix nucleòtid, però la predicció realitzada per l'exonerate dóna lloc a una predicció més llarga, tenint més nucleòtids a l'inici.

La proteïna d'Homo sapiens no té una selenocisteïna, sinó que té una cisteïna, que es troba conservada en la nostra proteïna en aquest exó predit tan per exonerate com per genewise.

L'element secis, en cas de ser-hi, no s'hauria de trobar a l'extrem 3' d'aquesta predicció, ja que encara falta una part de la proteïna en aquesta regió.

D'altra banda, la continuació d'aquesta proteïna es troba a l'scaffold GL853792.1 i està codificada en el mateix sentit que l'anotació (forward).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

La predicció d'exonerate té 2907 nucleòtids, que inclouen sis exons i cinc introns, i una raw score de 431. La predicció de genewise té 2904 nucleòtids, que inclouen sis exons i cinc introns, i té una puntuació de 152.29 bits.

Les dues prediccions acaben al mateix nucleòtid i tenen la mateixa estructura exònica, però la predicció de l'exonerate inclou un aminoàcid més a l'inici.

Tal com hem dit abans, la cisteïna d'aquesta proteïna es troba al fragment de l'altre scaffold.

El programa secisSearch no ha trobat cap element secis a l'extrem 3' de la proteïna predita, cosa que tampoc és contradictòria perquè la proteïna no té selenocisteïna i, per tant, no és necessari.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelU3:

Selenoprofiles

Per aquesta proteïna, el Selenoprofiles ens ha trobat 4 hits.

Per la proteïna que nosaltres anomenem SelU1, el hit del Selenoprofiles que es troba en el mateix scaffold és el SelU.4, cal esmentar que no comparteixen el mateix nucleòtid d’inici i final, però que la seva extensio és aproximadament igual).

Per aquest hit, el Selenoprofiles ens troba un element secis compatible, mentre que nosaltres no l'hem trobat. Tot i així, la presència o absència d'element secis no és de massa importància, ja que tan en els nostres resultats com en Selenoprofiles, es troba una cisteïna, i per tant no considerem que SelU1 sigui una selenoproteïna.

Per la proteïna que nosaltres anomenem SelU2, el hit del Selenoprofiles que concorda és el SelU.12. (Igual que anteriorment, concorden amb l’scaffold, però les posicions dels nucleòtids inici i final varien tot i que mapen a la mateixa regió aproximadament). Aquest hit conté una cisteïna en l'alineament, confirmant el que hem trobat nosaltres.

La proteïna que nosaltres anomenem SelU3, tal com ja hem explicat, la trobem partida en dos scaffolds diferents. Com era d'esperar, Selenoprofiles ha tingut el mateix problema de manera que en SelU3 li correspondrien els dos hits restants del Selenoprofiles, ja que ens concorden amb la posició de les dues parts de la proteïna que hem trobat nosaltres. El hit que correspon al tros que conté la cisteïna la conté a l'alineament; en canvi, el hit que correspon a la part que no conté a la cisteïna, veiem com no la poguda alinear.