Discussió

MAQUINÀRIA

Família SPS

SPS1

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu i les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise.

En aquest cas, vam obtenir tres hits amb el BLAST, dos dels quals donaven lloc a alineaments amb baixes puntuacions. Per tant, la proteïna SPS1 es troba a l'scaffold GL861628.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 35997 nucleòtids, que inclouen setze exons i quinze introns, i una raw score de 1997.
  • La predicció de genewise té 35997 nucleòtids, que inclouen vuit exons i set introns, i té una puntuació de 778.27 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen una mateixa proteïna, però amb una estructura exònica diferent.

La proteïna d'Homo sapiens era una selenoproteïna, però en lloc d'una selenocisteïna, tenia una treonina. Les prediccions realitzades per l'exonerate i el genewise tenen també la treonina conservada.

Tot i haver estat una selenoproteïna, ni l'homòleg en Homo sapiens, ni la proteïna predita tenen cap element secis predit pel programa secisSearch.

SPS2

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, la proteïna SPS2 es troba a l'scaffold GL841267.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 1004 nucleòtids, que inclou un exó, i una raw score de 1534.
  • La predicció de genewise té 1004 nucleòtids, que inclou un exó, i té una puntuació de 722.08 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen una mateixa proteïna.

La proteïna d'Homo sapiens té una selenocisteïna, però les dues prediccions comencen una mica més tard d'on hi hauria d'haver la selenocisteïna. Hem mirat manualment aquesta regió i hem trobat que, d'una banda, hi ha una regió amb un grup de Ns que no permetria realitzar la predicció i, d'altra banda, hi ha un possible codó TGA al lloc on s'esperaria. Per tant, no podem afirmar que sigui una selenoproteïna conservada en la nostra espècie, però ho podríem hipotetitzar.

El programa secisSearch ha trobat un possible element secis a l'extrem 3' del gen, que donaria suport a la hipòtesi que es tracta d'una selenoproteïna.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna TR3:

SPS2b

Aquesta proteïna no es troba en humans i, per tant, hem utilitzat la proteïna del pollastre com a query.

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, la proteïna SPS2b es troba a l'scaffold GL867652.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 5374 nucleòtids, que inclouen cinc exons i quatre introns, i una raw score de 854.
  • La predicció de genewise té 5374 nucleòtids, que inclouen cinc exons i quatre introns, i té una puntuació de 328.52 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen una mateixa proteïna, que no inclou l'inici de la query.

La proteïna de Gallus gallus té una selenocisteïna, però les nostres dues prediccions no arriben a la regió on hauria d'estar la selenocisteïna.

El programa SecisSearch no ha trobat un possible element secis a l'extrem 3' del gen, així que realment no podríem dir si es tracta, o no, d'una selenopoteïna real, o bé estem intentant trobar un homòleg que no existeix.


Selenoprofiles

Per aquesta família, Selenoprofiles ens troba tres hits.

El hit SPS.3 és el que concorda amb el mateix scaffold que la proteïna a la que nosaltres anomenem SPS1. Cal dir que tot i que solapen a la mateixa regió, no coincideixen a la mateixa posició exacta d’inici ni final. Aquest hit té una treonina alineada al lloc on hi hauria d’haver la selenocisteïna. Això concorda amb els resultat que havíem trobat nosaltres. A més, el Selenoprofiles troba un element secis compatible.

El hit SPS.1 cau en el mateix scaffold que la proteïna que nosaltres anomenem SPS2. Veiem que les posicions incials i finals són exactament les mateixes per la proteïna que hem trobat nosaltres que per la proteïna que ens proporciona el Selenoprofiles. A més, el programa no ha pogut alinear la selenocisteïna, segurament degut al mateix problema amb el que ens hem trobat nosaltres. Tot i així, sí que troba un element secis compatible.

El hit SPS.11 del Selenoprofiles cau al mateix scaffold que la proteïna que nosaltres anomenem SPS2B. Tot i així, les posicions inicials i finals no són exactament les mateixes, però podem veure que mapen a la mateixa regió del genoma. La selenocisteïna no ha pogut ser alineada per Selenoprofiles. Tot i així, contràriament a nosaltres, sí que troba un element secis compatible.