Discussió

SelW

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, vam obtenir només un hit amb el BLAST: la proteïna SelW2 es troba a l'scaffold GL856827.1 i està codificada en el mateix sentit que l'anotació (forward).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 1655 nucleòtids, que inclouen sis exons i cinc introns, i una raw score de 624.
  • La predicció de genewise té 1655 nucleòtids, que inclouen sis exons i cinc introns, i té una puntuació de 224.83 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen la mateixa proteïna.

La proteïna d'Homo sapiens no té una selenocisteïna, sinó que té una cisteïna, que es troba conservada en la nostra proteïna en el primer exó predit tan per exonerate com per genewise.

El programa secisSearch ha trobat un element secis a l'extrem 3' de la proteïna predita, tot i que està molt lluny. Tenint en compte que no és una selenoproteïna, el més lògic seria que aquest element secis fos un artefacte, en lloc d'un element secis real.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelW2:




Selenoprofiles

Els resultats que dóna Selenoprofiles per aquesta proteïna son controversos. Només ens troba un sol hit, que no concorda amb la posició de la proteïna que hem trobat nosaltres. Aquest hit tampoc estava a la cerca que hem fet a blast utilitzant com a query la proteïna SelW humana.

La predicció de selenoprofiles per SelW es troba a l'scaffold GL850039.1, té dos exons de 68 i 77 nucelòtids separats per un intró de 316 nucleòtids.

Els Selenoprofiles diu que aquest hit té una selenocisteïna, però no l'alinea. Tot i així, troba un element secis, que es troba a una distància de 169 nucleòtids del final de la proteïna.

Per tal de trobar-lo amb el nostre mètode, hauríem de buscar a partir de SelW d'ovella, ja que és a partir d'aquest animal d'ón el Selenoprofiles ha obtingut el hit.