Discussió

SelT

La realització d'un BLAST ens va donar lloc a quatre hits diferents, la majoria dels quals només incloïen fragments petits de la proteïna, o bé alineaments amb puntuacions molt baixes. Per tant, hem acabat assignant un sol hit a aquesta proteïna.

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, la proteïna SelT es troba a l'scaffold GL849905.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 4344 nucleòtids, que inclouen nou exons i vuit introns, i una raw score de 764.
  • La predicció de genewise té 4287 nucleòtids, que inclouen nou exons i vuit introns, i té una puntuació de 310.22 bits.

Les dues prediccions es troben a la mateixa regió, acaben al mateix nucleòtid i no inclouen els nucleòtids inicials de la proteïna query. Tot i així, la predicció realitzada per l'exonerate és més llarga degut a una major predicció a l'inici de la proteïna.

La proteïna d'Homo sapiens té una selenocisteïna i hem observat que aquesta es troba conservada en el primer exó de la nostra proteïna predita per exonerate, però no en la predita per genewise. és a dir, es troba ens els primers nucleòtids no predits per genewise. Tot i això, es podria considerar que aquesta selenocisteïna es troba conservada.

El programa secisSearch ha trobat un possible elements secis a l'extrem 3' del gen, la presència d'el qual dóna suport a la predicció que es tracta una selenoproteïna conservada.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelT:



Selenoprofiles

Per aquesta proteïna, el selenoprofiles només ens troba un hit, que concorda amb el mateix scaffold que te la proteïna que hem trobat nosaltres. Tot i que els dos resultats tenen pràcticament la mateixa extensió, hem de dir que no cauen en els mateixos nucleòtids inicials i finals.

En el resultat de selenoprofiles, l'alineament té una selenocisteïna i un element secis compatible, que coincideix amb la posició de l'element secis identificat per nosaltres.