Discussió

SelH

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, vam obtenir només un hit amb el BLAST: la proteïna SelH es troba a l'scaffold GL864900.1 i està codificada en el mateix sentit que l'anotació (forward).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 206 nucleòtids, que inclou un exó, i una raw score de 274.
  • La predicció de genewise té 206 nucleòtids, que inclou un exó, i té una puntuació de 126.70 bits.

Les dues prediccions coincideixen, és a dir, fan la mateixa predicció de la proteïna (del nucleòtid d'inici al de final). Tot i això, a les dues prediccions els manca la regió inicial de la proteïna.

La proteïna d' Homo sapiens té una selenocisteïna i hem observat que aquesta, segons les prediccions de la proteïna per exonerate i genewise, no es trobaria en aquesta regió. Tot i això, cal considerar que la selenocisteïna es trobaria a l'inici no predit i que potser podria existir. Hem mirat manualment si existeix un codó TGA en la regió on s'esperaria la selenocisteïna i hem trobat que 12 aminoàcids abans de l'inici de la predicció n'hi ha un, mentre que en la query aquest es trobaria 10 aminoàcids abans. Tenint en compte aquestes dades, es podria dir que potser la selenocisteïna sí que es troba conservada en la nostra proteïna, tot i que no ho han predit els programes utilitzats.

El programa secisSearch ha trobat cinc possibles elements secis a l'extrem 3' del gen, a diferents distàncies del final del gen, però no tenim el coneixement per discriminar quin dels cinc és el real. Tot i això, la presència d'aquests elements secis dóna suport a la predicció que es tracta una selenoproteïna conservada.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelH:




Selenoprofiles

El Selenoprofiles ens troba tres hits per aquesta proteïna. N'hi ha un que concorda amb la mateixa posició que té la proteïna trobada per nosaltres. Aquest hit és el SelH.1. Té la selenocïsteina no alineada i un element secis compatible que ens concorda amb un dels que hem trobat nosaltres. No obstant, tal com hem dit anteriorment, nosaltres n'hem trobat més.

Mirant els dos altres hits, veiem que els dos contenen la selenocïsteina alineada. El Selenoprofiles els troba als scaffolds GL849713.1 i GL864829.1; cap dels dos té un element secis compatible. En els dos casos, l'alineament no supera els 120 nucelòtids, i l'alineament és bastant dubtós: es tracta bàsicament de moltes lisines alineades.

Aquests dos hits no consten a la cerca que hem fet mitjançant blast per la query humana de SelH, per tant, podem afirmar que no els hem perdut mitjançant el triatge de hits que hem fet després del blast.