Discussió

Sel15

A taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, vam obtenir només un hit amb el BLAST: la proteïna Sel15 es troba a l'scaffold GL856743.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 32843 nucleòtids, que inclouen tres exons i dos introns, i una raw score de 432.
  • La predicció de genewise té 43613 nucleòtids, que inclouen quatre exons i tres introns, i té una puntuació de 159.65 bits.

La predicció de l'exonerate comença un codó abans que la del genewise a l'inici i, a més a més, tenen llargades i número d'exons diferents, sent la predicció del genewise més llarga.

La proteïna d' Homo sapiens té una selenocisteïna i hem observat que aquesta es troba conservada en el tercer exó de les proteïnes predites tan per exonerate com per genewise.

El programa secisSearch no ha trobat cap element secis a l'extrem 3' de la proteïna predita en la mateixa orientació que la proteïna (reverse), tot i que sí que esperaríem haver-ne trobat. No sabem si es tracta d'un problema de predicció per part del programa secisSearch, o bé aquest element secis no existeix.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna Sel15:


Selenoprofiles

Per aquesta proteïna, el programa Selenoprofiles ens troba un únic hit i ens concorda amb la posició de la proteïna que hem trobat nosaltres (cobreixen aproximadament la mateixa extensió però no comencen ni acaben a les mateixes posicions). Observem que amb Selenoprofiles sí que aconseguim trobar un element secis en el mateix scaffold. Aquest es troba a 657 nucleòtids del final predit pel Selenoprofiles de la proteïna.

Per tant, podem concloure que Sel15 és una selenoproteïna que es troba en el genoma del dimoni de Tasmània, ja que conté selenocïsteina i hem trobat també un element secis compatible.