Discussió
Discussió per a la família FrnE
Sphaeroforma Arctica
En els resultats del tBLASTn en la cerca de la selenoproteïna FrnE o homòlegs amb cisteïna en el genoma d'aquest organisme, trobem dos hits amb un valor de e-value estadísticament significatiu:
HIT REGIÓ INICI FINAL e-value hit0 gi|298566227|ref|NP_001177288.1| 32264 32860 9e-35 hit1 gi|298566227|ref|NP_001177288.1| 40213 39614 6e-32
Els anàlisis posteriors amb aquests dos hits mitjançant exonerate, seguint el protocol descrit a materials i mètodes, rebel·len que la selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna en el genoma del protista en ambdós casos.
Després de realitzar un alineament global amb t_coffee (HTML de MSA), seguim observant aquest canvi d'aminoàcid. Estudiant més a fons aquests dos hits, observem que els dos es troben en la mateixa regió genòmica i com a cadenes complementàries en diferents direccions. No obstant, només el segon hit (reverse) conté elements SECIS predits en la regió downstream.
En aquest cas en el SECISsearch no obtenim resultats vàlids de presència d'elements SECIS en aquesta seqüència. Quan ens fixem en la maquinària, veiem que presenta aproximadament el 50% de la maquinària. Així doncs, concloem que aquest protista podria haver patit un event mutacional en el qual s'hauria canviat la selenocisteïna per una cisteïna i encara tindria conservada una part de la maquinària. No obstant, també podriem pensar que aquesta maquinària té unes altres funcions biològiques desconegudes, per les quals encara es manté en el genoma. Considerarem que es tracta d'un homòleg amb cisteïna.
