Discussió

Discussió per a la família FrnE

Fragilariopsis Cylindrus

En els resultats del tBLASTn en la cerca de la selenoproteïna FrnE o homòlegs amb cisteïna en el genoma d'aquest organisme, trobem un hit amb un valor de e-value estadísticament significatiu:

HIT	REGIÓ					INICI	    FINAL    e-value	

hit 0	 gi|298566227|ref|NP_001177288.1|       2402623    2401976    3e-15  

Com a resultat a l'exonerate per aquest hit obtenim que la selenocisteïna de la query s'alinea amb un codó stop del genoma, de manera que comencem a hipotetizar que probablement aquest protista contingui una selenoproteïna en el seu genoma. En l'anàlisi mitjançant T-Coffee observem com la selenocisteïna de la query s'alinea amb un gap (no distingeix entre la senyal de gap i de stop), i al voltant d'aquest els residus estan bastant conservats. Per tant, deduïm que aquesta podria ser la seqüència d'una selenocisteïna.

En la predicció d'elements SECIS en la regió 3' del gen predit obtenim un element SECIS vàlid, ja que es troba a una distància menor a 5kb, concretament 3kb:

>scaffold_3:subseq(2381976,50000):[17093,17002]
ATTTATCCTG TAAAACA CCTAGTCTACTTT ATGAA GAAGTAGTGG AA GTGAAGGAAC GAGTTATTTT GGAA GAA 
TTTTGTTG TTCGGAATTA 

Per tant, l'alineament de la selenocisteïna de la query amb una selenocisteïna del genoma del protista, juntament amb la predicció d'elements SECIS conformen una forta evidència de la presència de la selenoproteïna FrnE en el protista F.cylindrus. A més, hem vist que presenta gran part de la maquinària.