Discussió
Discussió per a la família GPx
Crithidia Fasciculata
En els resultats del tBLASTn en la cerca de la selenoproteïna humana GPx o homòlegs en el genoma d'aquest organisme, trobem diversos hits amb un valor de e-value estadísticament significatiu:
HIT REGIÓ inici final e-value hit0 Cf_Contig944 26344 25853 2e-15 hit1 Cf_Contig1047 225796 225305 2e-15 hit2 Cf_Contig1034 246612 246172 3e-15 hit3 Cf_Contig1034 248582 248094 4e-14 hit4 Cf_Contig1034 253782 253309 3e-12 hit5 Cf_Contig1034 250721 250269 3e-12 hit6 Cf_Contig1034 252266 251793 6e-12 hit7 Cf_Contig755 11196 10756 3e-15 hit8 Cf_Contig755 313102 12650 3e-12
D'entrada trobem quatre regions genòmiques diferents, que veiem que no es solapen entre elles.
El hit0 alinea la selenocisteïna de la query amb una cisteïna en el genoma del protista (exonerate i T-Coffee). No s'han observat elements SECIS vàlids.
El hit1 alinea la selenocisteïna de la query amb una cisteïna (exonerate i genewise). No s'observen elements SECIS vàlids.
Els hits entre 2 i 6 (ambods inclosos) es troben a la mateixa regió genòmica. La selenocisteina de la query està alineada amb un àcid aspàrtic (D) en el hit2 i amb una cisteïna (C) en els hits 3, 4, 5 i 6. No obstant, mitjançant exonerate tots els hits alineen la Sec de la nostra query amb una Cis. A més, amb aquest programa veiem que aquests hits tenen el mateix raw score i ens podem fixar en què la seqüència aminoacídica de cada un d'ells no presenta diferències amb els altres. Amb això, podem dir que es tracta del mateix hit. No s'han trobat elements SECIS vàlids.
Pel que fa als hits 7 i 8, no n'hem obtingut resultats mitjançant exonerate ni Genewise, de manera que no s'han utilitzat per el posterior anàlisi.
Hem realitzat un alineament múltiple amb els hits 0, 1 i 2. Tots tenen la selenocisteïna alineada amb una cisteïna. El hit2 és més llarg que la query, però podria ser un error d'annotació. Aleshores podem hipotetitzar que el genoma de C.fasciculata inclou tres seqüències de tres proteïnes homòlogues amb Cis a la selenoproteïna GPx humana.
Hem realitzat un blastp contra la base de dades no redundant del NCBI. Els hits0, 1 i 2 no estaven anotats, surten molts hits contra la selenoproteïna GPx i cap d'ells és de C.fasciculata, no obstant, com que les nostres annotacions de C.fasciculata són molt curtes (excepte el hit2), podria ser que només es tractés d'un domini molt conservat. Els resultats del blastp els podeu veure a continuació: hit0, hit1 i hit2.
Pel que fa a l'anàlisi de la maquinària, hem trobat les seqüències de eEF-Sec, SLA/LP i SPS2 en el genoma d'aquests protista.