Discussió


Discussió per a la família GPx


Crithidia Fasciculata


En els resultats del tBLASTn en la cerca de la selenoproteïna humana GPx o homòlegs en el genoma d'aquest organisme, trobem diversos hits amb un valor de e-value estadísticament significatiu:


HIT	REGIÓ			inici		final		 e-value

hit0	Cf_Contig944		26344		25853		2e-15		

hit1	Cf_Contig1047		225796		225305		2e-15		

hit2	Cf_Contig1034		246612		246172		3e-15		
hit3 	Cf_Contig1034		248582		248094		4e-14		
hit4	Cf_Contig1034		253782		253309		3e-12	
hit5	Cf_Contig1034		250721		250269		3e-12		
hit6	Cf_Contig1034		252266		251793		6e-12		
	
hit7	Cf_Contig755		11196		10756		3e-15		
hit8 	Cf_Contig755		313102		12650		3e-12		

D'entrada trobem quatre regions genòmiques diferents, que veiem que no es solapen entre elles.


El hit0 alinea la selenocisteïna de la query amb una cisteïna en el genoma del protista (exonerate i T-Coffee). No s'han observat elements SECIS vàlids.


El hit1 alinea la selenocisteïna de la query amb una cisteïna (exonerate i genewise). No s'observen elements SECIS vàlids.


Els hits entre 2 i 6 (ambods inclosos) es troben a la mateixa regió genòmica. La selenocisteina de la query està alineada amb un àcid aspàrtic (D) en el hit2 i amb una cisteïna (C) en els hits 3, 4, 5 i 6. No obstant, mitjançant exonerate tots els hits alineen la Sec de la nostra query amb una Cis. A més, amb aquest programa veiem que aquests hits tenen el mateix raw score i ens podem fixar en què la seqüència aminoacídica de cada un d'ells no presenta diferències amb els altres. Amb això, podem dir que es tracta del mateix hit. No s'han trobat elements SECIS vàlids.


Pel que fa als hits 7 i 8, no n'hem obtingut resultats mitjançant exonerate ni Genewise, de manera que no s'han utilitzat per el posterior anàlisi.


Hem realitzat un alineament múltiple amb els hits 0, 1 i 2. Tots tenen la selenocisteïna alineada amb una cisteïna. El hit2 és més llarg que la query, però podria ser un error d'annotació. Aleshores podem hipotetitzar que el genoma de C.fasciculata inclou tres seqüències de tres proteïnes homòlogues amb Cis a la selenoproteïna GPx humana.


Hem realitzat un blastp contra la base de dades no redundant del NCBI. Els hits0, 1 i 2 no estaven anotats, surten molts hits contra la selenoproteïna GPx i cap d'ells és de C.fasciculata, no obstant, com que les nostres annotacions de C.fasciculata són molt curtes (excepte el hit2), podria ser que només es tractés d'un domini molt conservat. Els resultats del blastp els podeu veure a continuació: hit0, hit1 i hit2.

Pel que fa a l'anàlisi de la maquinària, hem trobat les seqüències de eEF-Sec, SLA/LP i SPS2 en el genoma d'aquests protista.