Resultats i Discussió de T. congolense
| tBLASTn | Hits | Fastasubseq | Estructura exònica | cDNA | Proteïna | tCoffee | Selenoproteïna | SeCIS |
 |
1 | |
 |
|
|
|
Homòleg en cisteïna |  |
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |||||
| 2 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
| 3 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |||||
| 4 | |
 |
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
L'ús de la query d’EhSEP2 d’Emiliania huxleyi per fer un tBlastn contra la base de dades genòmica de T.congolense permet obtenir 4 hits estadísticament significatius (E-value < 1·10-4).
Hit 1
L'anàlisi amb Exonerate detecta dos possibles alineaments entre la query i aquest scaffold. Genewise només detecta una part del primer scaffold.
- El primer és un alineament directe que prediu un gen amb 3 exons i 2 introns on la selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo, el Blastp realitzat contra la base de dades proteica no redundant del NCBI retorna altres proteïnes de la Família de les Tioredoxina-Disulfit Isomerases (TDI)
- El segon alineament prediu un gen d'un sol exó a la cadena directa, on la selenocisteïna també s'alinea amb una cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo, i el Blastp amb NCBI retorna altres proteïnes de la família de les TDI.
No s'ha trobat cap element SeCIS en la cerca amb SECISearch. En no ser alineaments solapants, es pot concloure que els resultats prediuen amb alta probabilitat la presència de dos gens homòlegs d'EhSEP2 amb cisteïna en aquest scaffold.
Hit 2
Exonerate prediu un sol alineament i Genewise n'obté un d'igual però amb alguns residus menys. El gen predit es troba a la cadena directa i la seva estructura consta d'un sol exó en el qual la selenocisteïna queda alineada amb una cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo i, si s'allarga manualment, la regió d'alta similitud s'estén alguns residus més. Usant la proteïna predita per fer un Blastp amb NCBI s'ontenen proteïnes de la família de les TDI. SECISearch no ha trobat cap element SeCIS. Els resultats indiquen que amb força probabilitat el gen predit en aquest scaffold és homòleg a EhSEP2 i conté una cisteïna enlloc de la selenocisteïna.
Hit 3
En aquest scaffold, Exonerate troba dos possibles alineaments, mentre que Genewise sols detecta el primer i amb menys residus.
- El primer és un alineament revers que prediu un gen d'un sol exó, en el que s'ha canviat la selenocisteïna per una cisteïna. El Tcoffee obtingut és bo i el Blastp amb NCBI retorna diverses proteïnes de la Família de les TDI.
- El segon alineament detecta un gen d'un sol exó situat a la cadena reversa en la que la selenocisteïna s'alinea amb una cisteïna. El resultat del Tcoffee és bastant bo, i amb el Blastp es prediuen altres proteïnes de la Família de les TDI.
No s'ha trobat cap element SeCIS amb SECISearch. Els alineaments no se sobreposen entre ells, de manera que els resultats indiquen que probablement en aquest scaffold hi hagi dos gens homòlegs d'EhSEP2 amb cisteïna.
Hit 4
L'anàlisi d'aquest scaffold amb Exonerate no dóna cap resultat, en canvi Genewise troba un alineament a la cadena directa. El gen predit consisteix en un sol exó amb una cisteïna alineant a la selenocisteïna de la query. El Tcoffee resultant no és gaire bo, tot i que el Blastp amb NCBI retorna proteïnes de la Família de les TDI en diversos organismes. SECISearch no ha detectat cap element SeCIS. Malgrat el Tcoffee no és massa bo, la regió d'alta similitud predita és suficientment llarga com per afirmar que, probablement, el gen predit en aquest scaffold és un gen homòleg d'EhSEP2 amb cisteïna.
Conclusió
En resum, s'ha vist que T.congolense presenta, amb alta probabilitat, 6 gens homòlegs a EhSEP2 en els que la selenocisteïna s'ha canviat per una cisteïna. Per tant, no presenta cap gen d'EhSEP2 en forma de selenoproteïna.
