Cerca de Selenoproteïnes

Resultats i Discussió de I. multifiliis strainG5

tBLASTn	Hits	Fastasubseq	Estructura exònica	cDNA	Proteïna	tCoffee	Selenoproteïna	SeCIS
	1						Homòleg en cisteïna
							Homòleg en cisteïna
	2						Homòleg en cisteïna
							Homòleg en cisteïna
	3						Homòleg en cisteïna
							Homòleg en cisteïna
	4						Homòleg en cisteïna
	5						Homòleg en cisteïna
	6						Homòleg en cisteïna
							Homòleg en cisteïna
	7						-
	8						-
	9						-
	10						-
	11						-

La cerca de la query d’EhSEP2 d’Emiliania huxleyi al genoma d’I.multifiliis amb tBlastn ha predit 11 hits estadísticament significatius (E-value < 1·10^-4) en scaffolds diferents.

Hit 1

L’anàlisi d’aquest scaffold amb Exonerate troba dos alineaments possibles, mentre que amb Genewise només es detecta la part final del primer alineament.

• El primer és un alineament directe que prediu un gen format per un sol exó en el qual es canvia la selenocisteïna per una cisteïna. El Tcoffee obtingut és molt bo tot i que s’estén només per la primera meitat de la query. Els hits retornats pel Blastp realitzat contra la base de dades de proteïnes no redundants de NCBI són majoritàriament de la família de les Tioredoxina-Disulfit Isomerasa (TDI).


• El segon alineament és directe i prediu un gen format per 2 exons i 1 intró en el qual la selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna al principi del primer exó. El resultat del Tcoffee és bo tot i que curt i, degut a que la posició on es troba la selenocisteïna es localitza als primers aminoàcids de l'alineament, s'ha allargat l’exó manualment upstream. No obstant, el resultat no és gens satisfactori. En fer un Blastp amb NCBI amb la proteïna predita es retornen proteïnes de la família dels TDI.

El programa SECISearch no ha trobat cap element SeCIS. Els dos alineaments predits no se solapen entre ells. Per tant, es pot concloure que amb alta probabilitat els dos gens predits en aquest scaffold són homòlegs d'EhSEP2 amb cisteïna.

Hit 2

Exonerate obté dos alineaments possibles però Genewise només troba una part del primer alineament.

• El primer és un alineament directe que prediu un gen d’un sol exó, el qual seria un homòleg amb cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo i s’estén per tota la primera meitat de la query. El Blastp amb NCBI retorna proteïnes de la família de les TDI.


• El segon alineament prediu un gen d’un sol exó a la cadena directa en el qual també s’hi produeix un canvi de la selenocisteïna per una cisteïna. El Tcoffee obtingut és bo, i la proteïna obtinguda permet predir altres proteïnes de la família de les TDI amb NCBI.

No s’ha trobat cap element SeCIS amb SECISearch. Els dos alineaments predits no se solapen. S'ha observat la presència de dos gens que amb molta probabilitat són homòlegs d’EhSEp2 amb cisteïna.

Hit 3

L’anàlisi amb Exonerate d’aquest scaffold retorna dos alineaments possibles, mentre que Genewise troba un alineament molt petit.

• El primer és un alineament revers que prediu un gen d’un sol exó en el qual la selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna. El Tcoffee obtingut és força dolent, ja que la regió d'alta similitud només engloba una regió molt curta de la query. Tot i això, el Blastp de la proteïna obtinguda fet amb NCBI retorna proteïnes de la família de les TDI.


• El segon alineament prediu un gen a la cadena reversa format per 3 exons i 2 introns, en el qual el canvi de selenocisteïna a cisteïna es troba al segon exó. Tot i que el gen predit contindria en la seva seqüència 3 codons de parada, el Tcoffee que obtenim amb la proteïna és molt bo, i el Blastp amb NCBI retorna com a primers hits Disulfit Isomerases.

SECISearch no ha trobat cap element SeCIS. Tot i que els dos alineaments no són solapants, els resultats no permeten treure cap conclusió final sobre el gen predit al primer alineament, ja que aquest és molt curt. Pel que fa al segon alineament, la presència d'alguns codons de parada a la seva seqüència no permeten descartar l'alineament, ja que les prediccions dels programes utilitzats no sempre són del tot acurades. Per tant, continua sent possible que aquest gen sigui un homòleg amb cisteïna d'EhSEP2.

Hit 4

Tant Exonerate com Genewise detecten el mateix alineament, però Exonerate prediu un gen més llarg. El gen es troba a la cadena directa i consisteix en un sol exó bastant curt en el que la selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna. El resultat del Tcoffee mostra un alienament òptim però curt, i per aquest motiu s'ha allargat manualment l’alinement. L'alineament resultant s'estén òptimament al llarg d'alguns residus més dels que s’havien predit inicialment. El Blastp amb NCBI retorna altres proteïnes de la família de les TDI. No s’ha trobat cap element SeCIS amb SECISearch. Es pot afirmar amb força seguretat que en aquest scaffold s’hi troba un gen homòleg d'EhSEP2 amb cisteïna.

Hit 5

En aquest scaffold Exonerate prediu un alineament que conté un sol exó i que seria homòleg a EhSEP2 amb cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo i el Blastp amb NCBI retorna proteïnes del tipus TDI. SECISearch no ha trobat cap element SeCIS. Molt probablement el gen predit en aquest scaffold és un homòleg d'EhSEp2 amb cisteïna.

Hit 6

L’anàlisi amb Exonerate d’aquest scaffold detecta dos alineaments possibles, mentre que Genewise obté una petita part del segon alineament.

• El primer és un alineament directe que prediu un gen amb un sol exó on es canvia la selenocisteïna per una cisteïna. El resultat del Tcoffee és molt bo, i el Blastp amb NCBI retorna altres proteïnes de la família de les TDI.


• El segon alineament prediu un gen a la cadena directa format per un exó en el qual s’ha canviat la selenocisteïna per una cisteïna. El Tcoffee obtingut és bo però curt. Tot i això s'han predit Disulfit Isomerases d’altres organismes amb el Blastp del NCBI.

No s’ha trobat elements SeCIS amb SECISearch. Els dos alineaments predits no se solapen, per tant els resultats permeten concloure amb força probabilitat que en aquest scaffold s'hi localitzen dos gens homòlegs d'EhSEP2 amb cisteïna.

Hits del 7 al 11

Els alineaments obtinguts en els hits del 7 al 11 són massa curts com per poder determinar si es tracta de gens homòlegs d'EhSEP2.

Conclusió

Com a conclusió, a I.multifiliis strain G5 s’ha observat la presència de 9 gens homòlegs d’EhSEP2 amb cisteïna repartits en diferents scaffolds del seu genoma. No s’ha trobat cap gen EhSEP2 que contingui selenocisteïna.