Resultats i Discussió de D. discoideum AX4
| tBLASTn | Hits | Fastasubseq | Estructura exònica | cDNA | Proteïna | tCoffee | Selenoproteïna | SeCIS |
 |
1 | |
 |
|
|
|
Homòleg en cisteïna |  |
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |||||
| 2 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |||||
| 3 | |
|
|
|
|
Homòleg en cisteïna | |
|
| 4 | |
 |
|
|
|
- | |
|
La cerca amb tBlastn de la query d'Emiliana huxleyi al genoma de D.discoideum ha resultat en 4 hits significatius (E-value < 1.10-4) en scaffolds diferents.
Hit 1
Exonerate prediu dos alineaments diferents, mentre que Genewise sols prediu el primer.
- Ambdós programes detecten el mateix alineament directe, consistent en un sol exó en el qual la selenocisteïna de la query s'alinea amb un residu de cisteïna. El Tcoffeee obtingut és molt bo i prediu una regió d'alta similitud. La majoria de les proteïnes reportades pel Blastp fet amb NCBI són de la Família de les Tiorredoxina-Disulfit Isomerasa (TDI), incloent-ne algunes pròpies de D.discoideum.
- El segon alineament és directe i consta també d'un sol exó amb una cisteïna. Un fragment d'alta similitud ha estat detectat amb Tcoffeee, i NCBI reporta nombroses proteïnes del tipus TDI.
No s'han trobat elements SeCIS. Els dos alineament no són solapants, de manera que, amb molta probabilitat, es tracta de dos gens homòlegs amb cisteïna d'EhSEP2.
Hit 2
Exonerate prediu dos alineaments en aquest mateix scaffold, mentre que Genewise sols en prediu un.
- El primer és revers i no està interromput per cap intró. La selenocisteïna de la query s'alinea amb una cisteïna i l'alineament proteic amb Tcoffeee és bo, detectant una regió d'alta similitud. Genewise prediu la mateixa estructura exònica i seqüència proteica. La majoria dels hits reportats per NCBI en fer Blastp són de la família TDI.
- El segon alineament és revers i està format per un únic exó. No obstant, aquest només engloba la part final de la query, i no inclou la selenocisteïna. S'ha allargat l'exó per l'extrem inicial i no s'ha obtingut cap pauta de lectura viable.
No s'han detectat elements SeCIS amb SECISearch. Els resultats indiquen que, amb alta probabilitat, hi ha un gen homòleg d'EhSEP2 amb cisteïna en aquest scaffold que correspondria al detectat al primer alineament, mentre que els resultats no són rellevants per treure conclusions del gen predit amb el segon alineament.
Hit 3
Tant Exonerate com Genewise prediuen un únic alineament, el qual és revers i conté 2 exons i 1 intró. La selenocisteïna s'alinea amb un residu de cisteïna al primer exó, el qual engloba la major part de la query. L'alineament amb Tcoffee és més extens que en la majoria de hits obtinguts, malgrat la similitud és lleugerament menor en determinades regions curtes, les quals inclouen la seqüència consens (AGCGHC). No obstant, es detecta homologia, i la majoria de proteïnes retornades pel Blastp amb NCBI són del tipus TDI. Cap element SeCIS ha estat detectat. Aquests resultats indiquen que probablement el hit predit és un gen homòleg amb cisteïna d'EhSEP2.
Hit 4
L'alineament de l'últim dels hits significatius obtinguts amb tBlastn només s'ha obtingut amb Genewise. Aquest és molt curt, extenent-se tan sols 50 aminoàcids i començant just en la seqüència consens, la qual conté una serina enlloc de selenocisteïna. NCBI reporta algunes proteïnes de la Família de les TDI, la primera de les quals correspon al propi organisme. SECISearch no ha trobat cap element SeCIS. Els resultats obtinguts no són prou concloents per determinar que en aquests scaffold s'hi trobi aquest gen homòleg d'EhSEP2 en el que la selenocisteïna estaria canviat per una serina.
Conclusió
Alguns gens homòlegs a EhSEP2 han estat identificats al genoma de D.discoideum. Es tracta de quatre gens repartits en tres scaffolds, i tots ells contenen un residu de cisteïna a la posició alineada amb la selenocisteïna de la query.
