Selenoproteïnes

L'objectiu d'aquest treball és identificar la presència de quatre famílies de selenoproteïnes, Sel15, Fep15, SelM i Sel3, en una sèrie de genomes de protistes seqüenciats entre el 2008 i el 2010. Les seqüències conegudes de les quatre famílies de selenoproteïnes s'han extret de les bases de dades SelenoDB i TARBALL. Per tal de realitzar els aliniaments i localitzar possibles hits hem utilitzat el programa tBlastn, Exonerate, GeneWise i TCoffee. A més a més, en els hits candidats a ser selenoproteïnes s'han buscat elements SECIS i proteïnes de la maquinària de síntesi. Els resultats obtinguts es resumeixen en una taula a partir de la qual es pot accedir a dades més detallades.

The goal of our research is to identify the existence of four selenoprotein families, Sel15, Fep15, SelM and Sel3, in the protist genomes sequenced between 2008 and 2010. The known sequences of the four selenoprotein families were extracted from the databases SelenoDB and TARBALL. In order to locate hits by aligning the selenoprotein sequences with the protist genomes we used the programs tBlastn, Exonerate, GeneWise and TCoffee. In adittion to this, we looked for SECIS elements and selenoprotein synthesis machinery in the considered potential selenoproteins. The obtained results are summarized in a table which directs you to more detailed information.