Fep15
Fish 15KDa selenolike-protein (Fep15), és un homòleg distant dels membres de la família Sep15 a les quals pertanyen 15KDa / Sel15 i SelM, però amb funcions diferents. Sembla que Fep15 es va generar per duplicació gènica de SelM en animals i molt probablement en peixos. A diferència de 15KDa i SelM, ha estat detectada exclusivament en peixos i només en la forma que conté seleni i és la primera família de selenoproteïnes eucariotes que es troba distribuïda d'una forma tan restringida (és absent en mamífers, fins i tot la forma ortòloga que conté Cys)
En Danio rerio (zebrafish), organisme que hem utilitzat per a realitzar les comparacions, es troba en el contig Zv_8NA4845. El gen està constituït per 9522 bases, 3174 aminoàcids, 4 exons i se situa a les posicions 132658 a la 142179 del contig Zv_8NA4845. En la seqüència que se'ns ha proporcionat, selenocisteïna (U) es troba a la posició 46 de la seqüència d'aminoàcids.
El motiu RDEL localitzat a C-terminal de Fep15 indica que està localitzada al reticle endoplasmàtic, i possiblement a l'aparell de Golgi.
Els elements SECIS de Fep15 encaixen en el model eucariota de SECIS. En tots els eucariotes, al loop apical hi trobem Ala-Ala o Cys-Cys (només en mamífers). En el cas de Fep15, es va observar la seqüència Cys-Ala excepte en zebrafish, on es va trobar la seqüència Ala-Ala. Tot i aquestes petites variacions, l'element SECIS es troba molt conservat a nivell de nucleòtids.
Mitjançant un aliniament múltiple, es va observar que la selenocisteïna (Sec), es troba conservada entre Fep15, SelM i Sel15. En Sel15, Sec està present en el motiu Cys-Gly-Sec, mentre que en SelM el motiu està un pèl modificat a Cys-Gly-Gly-Sec. La presència d'una Cys conservada a prop de Sec és indicatiu d'un intermediari selenosulfit. No obstant, en lloc d'aquesta Cys conservada, Fep15 té Val. No només això sinó que les seqüències Fep15 no tenen cap Cys conservada i de fet algunes Fep15 no tenen cap residu de Cys, probablement, a causa de mutacions successives. Tot això suggereix que Fep15 té una funció especialitzada única en peixos.
La presència de seleni al mar pot haver estat un factor important en influenciar l'evolució de noves famílies de selenoproteïnes en grups restringits d'organismes i Fep15 n'és un exemple.
La seqüènica utilitzada per a fer els aliniaments l'hem extret de la base de dades TARBALL.
Referències