materiales y métodos

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia problema (secuencia query) contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos. El algoritmo encuentra las secuencias de la base de datos que tienen mayor parecido a la secuencia problema. Es importante mencionar que BLAST usa un algoritmo heurístico por lo que no nos puede garantizar que ha encontrado la solución óptima. Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la significación de sus resultados, por lo que nos provee de un parámetro para juzgar los resultados que se obtienen. En nuestro caso, hemos utilizamos la variante tBLASTn, que compara una secuencia proteica con una base de datos de nucleótidos. Para realizar esto, traduce todas las secuencias de nucleótidos de la base de datos en sus seis marcos de lectura. Se debe tener cuidado con los resultados de este tipo de Blast, porque una buena cantidad de las secuencias traducidas no son proteínas que existan en la naturaleza, sino fragmentos de ellas.

Exonerate es una herramienta genérica para la comparación de pares de secuencias que permite compararlas mediante alineamiento múltiple. Permite conocer el número de exones de la posible selenoproteína y la secuencia de estos exones.

Este programa predice la estructura genómica usando secuencias proteicas similares, es un programa importante en el sistema de anotación Ensembl. Se ejecuta en la secuencia genómica en torno a un hit BLAST utilizando un perfil modelo oculto de Markov (Hmm). Su algoritmo es bastante exacto y puede prever y completar estructuras génicas cuando se utilizan las correctas secuencias.

T-Coffee es un programa de alineamiento de múltiples secuencias. Alinea un conjunto de secuencias que hayan sido alineadas anteriomente por otros programas como blast, fasta... La característica principal de este programa es que permite combinar los resultados obtenidos con diferentes métodos de alineamiento. Por defecto, T-Coffee comparará todas las secuencias de dos en dos, produciendo un alineamiento global y una serie de alineamientos locales (utilizando lalign). Después, el programa combinará todos estos alineamientos en uno múltiple.

Es una aplicación on-line para la búsqueda de elementos SECISs en secuencias de DNA inferiores a 100.000 nucleótidos. Este programa se basa en tres elementos que caracterizan al elemento SECIS: a) estructura primaria (es decir secuencias nucleotídicas consenso para este elemento), b) estructura secundaria (estructura de “helix-loop-helix-loop” que se forma a partir de la estructura primaria), y c) análisis de la energía libre de la estructura