Abstract

Since the discovery of selenocysteine, considered as the 21th amino acid, investigation about this issue has gone in depth due to the improvement of the selenoprotein knowledge. Several selenoproteins have been identified in mammals, insects and protists. Our project focuses on the identification of the T, V and W families in different protists genomes. Computer programs as BLAST, Exonerate, T-Coffee or SECISearch have been used in order to predict these genes in the selected protists genomes. Not only homologous with cysteine, but also homologous in selenocysteine have been found. Referring to the last ones, just in some of them the SECIS element has been identified. A better assembly of the protists genomes would make this research a more accurate task; moreover, using queries from phylogenetically nearer protists would offer more exact results.

Resumen

Desde el descubrimiento de la selenocisteína, considerada el 21º aminoácido, se ha profundizado en su estudio con el fin de entender mejor las selenoproteínas. Se han identificado un gran número de éstas en diferentes mamíferos, insectos o protistas. Nuestra investigación se centra en la identificación de las familias T, V y W en diferentes protistas, con lo que ampliamos el conocimiento acerca de la distribución de las selenoproteínas a lo largo de las diferentes especies protistas. Para realizar esta investigación se han usado diferentes programas informáticos como el BLAST, Exonerate, T-Coffee o SECISearch con los cuales se han predicho estos genes en los genomas de los protistas seleccionados. Se han encontrado tanto homólogos en cisteína como homólogos en selenocisteína. En estos últimos, la identificación de elementos SECIS ha sido posible sólo en algunos de los casos. Un mejor ensamblaje del genoma de los protistas facilitaría esta búsqueda; además, el uso de queries provenientes de protistas filogenéticamente más cercanos a los nuestros nos proporcionaría unos resultados más exactos.