T. pseudonana

A. anophagefferens
TR1 humà

Els alineaments que resultaven del tBlastn de TR entre A.anophagefferens (query) i el genoma del protista analitzat són bastant significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit que va ser estudiat va ser el de 'gb|AAFD02000004.1|' al que li correspon un E-value de e-154. Si ens fixem amb l'alineament resultant podem veure que la selenocisteïna de la query utilitzada es troba enfrontada a un codó stop (TGA) del genoma del protista. Això ens indica doncs la presència d'una selenocisteïna al genoma de T.pseudonana.

Vam procedir a extreure el cDNA mitjançant el programa exonerate i aquest va ser posteriorment traduït a proteïna a partir del fastatranslate. Com a resultat obtenim una proteïna en la que trobem la selenocisteïna però a la qual li manca la part inicial igual ja que això mateix passa amb la query utilitzada. També vam realitzar un tcoffee que ens va alinear de nou les dues seqüències comprovant novament que teníem una selenocisteïna enfrontada entre els dos genomes comparats.

Finalment, per acabar d'afirmar que ens trobàvem davant d'una selenoproteïna, vam buscar els elements SECIS a la regió 3'. Això ho vam fer mitjançant una sèrie de comandes a partir de les quals vam obtenir la seqü`ncia corresponent a l'element SECIS a més a més de la seva imatge corresponent.

Un cop trobada la selenocisteïna vam seguir analitzant els altres hits que presentaven valors d'E-value significatius. El segon hit que vam estudiar va ser el corresponent a 'gb|AAFD02000036.1|' amb un e-value de 6e-65. En aquest cas, però, al fixar-nos amb l'alineament, no veiem que hi pogués haver una selenocisteïna. D'aquesta manera vam procedir com anteriorment a l'obtenció de la proteïna. Un cop teníem la seq&uunl;ència, vam analitzar-la mitjançant el blastp i així vam poder veure que es tractava d'una proteïna d'una altra família: glutationa reductasa.

Obteníem igualment un hit molt significatiu ja que aquestes dues famílies tenen dominis molt conservats entre elles.