ContactSelenoproteinsThioredoxinReductase
Recerca en genomes de protistes
T. parva
| Query | T. parva NCBI TR1 humà |
cDNA | Visualitza |
| BLAST | A. anophagefferens TR1 humà | Proteïna | Visualitza |
| Exonerate | Visualitza | TCoffee | Visualitza |
| GFF | Visualitza | Secis | - |
| GeneWise | Visualitza | - | - |
Els alineaments que resulten del tBLASTn de TR de A.anophagefferens (query) i el genoma d'aquest protista són molt significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.
El primer hit que vàrem analitzar és el corresponent al gb|AAGK01000005.1|; que té un E-value de 3e-17, tot i que no trobem la selenocisteïna de la query alineada.
Per a veure si aquest no-alineament es devia a que la proteïna que tenia el nostre protista no era una selenoproteïna, vàrem extreure la proteïna amb la query de A.anophagefferens i vàrem fer un BLASTp amb una base de dades no redundant (nr database). Vam poder comprovar que efectivament es tractava d'una thioredoxin reductasa, però que en aquest cas es tractava d'un homòleg en cisteïna.
Utilitzant com a nova query la TR d'aquest organisme anotada a NCBI, varem aconseguir extreure la nostra proteïna, confirmant que es tractava d'un homòleg en cisteïna amb el TCOFFE contra la selenoproteïna d'un altre protista (A. Anophagefferens).
Tornar enrera