P. sojae

A. anophagefferens
TR1 humà

Els alineaments que resulten del tBlastn de TR de A.anophagefferens (query) i el genoma d'aquest protista són molt significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit que vàrem analitzar és el corresponent al scaffold gi|113926705|gb|AAQY01000043.1|; on, a més a més de tenir un E-value de 2e-123, la selenocisteïna de la query se'ns alineava amb un codó TGA (volent dir que la proteïna d'aquest protista també conté Selenocisteïna).

Per a això vàrem passar a extreure el cDNA de la proteïna mitjançant exonerate, el programa fastaseqGFF.pl, i després aquest el vàrem passar a seqüència d'aminoàcids amb fastatranslate.

La proteïna resultant, tot i contenir clarament una selenocisteïna, ens manca la primera part, ja que a la query que vàrem utilitzar també li manca aquest tros.

Per a acabar de comprovar que es tractava d'una selenoproteïna, vàrem buscar elements SECIS a la regió 3' del gen en qüestió, i tan sols vàrem ser capaços de trobar estructures amb el programa SECISearch.pl si buscàvem amb l'opció “non-standard pattern”. De tots els resultats obtinguts ens hem quedat amb aquells que es trobaven més aprop del nostre gen (fins a 1000 nucleòtids), i que a més a més, tenen una energia menor (per tant, més favorable).

El segon hit estudiat va ser el corresponent a gi|113926131|gb|AAQY01000617.1| on, en aquest cas, teníem un E-value molt significatiu (3e-58) però no s'alineava la Sec. Després d'extreure la proteïna, vàrem fer un BLASTp contra una base de dades no redundant, i vàrem veure que no es tractava d'una proteïna de la família TR, si no d'una glutatione reductasa (no es tracta d'una selenoproteïna). La raó per la qual obteníem un hit significatiu és per què aquestes dues proteïnes tenen dominis conservats entre elles (ja que la seva funció és semblant). Així, vàrem concloure que no calia mirar els altres hits significatius, ja que estaven causats pel mateix fenomen.