P. ramorum

A. anophagefferens
TR1 humà

Dels alineaments que resulten de realitzar un tBlastn emprant com a query el TR del protista A. anophagefferens i el genoma de Phytophthora ramorum, només 1 resulta significatiu, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El hit analitzat és el gi|113921017|gb|AAQX01000152.1|, que presenta un E-value de 6e-7. Tanmateix, al resultat reportat pel BLAST, en aquest alineament no hi constava ni una selenocisteïna ni tampoc una cisteïna homòloga, ja que faltava un fragment final que no s'alineava.

Amb l'objectiu de comprovar de quina proteïna es tractava, vam intentar extreure les regions exòniques i, per tant, la seqüència codificant de la nostra proteïna potencial, però a l'hora de fer l'exonerate, aquest programa ens remitia el missatge “completed exonerate analysis”, que ens indicava que no s'havia pogut extreure la seqüència proteica degut al baix nivell d'homologia existent entre la query utilitzada i la regió genòmica extreta. Per aquesta raó, i amb l'objectiu d'aconseguir aplicar l'exonerate, es va optar per la construcció d'una query híbrida, en la que els extrems 5' i 3' corresponien a la seqüència query inicial (la de A. Anophagefferens) mentre que la regió central corresponia al fragment del genoma del protista P. ramorum alineat al BLAST. Vam tornar a aplicar l'exonerate emprant aquesta query híbrida i gràcies a l'augment de l'homologia entre la regió central de la query i el genoma (eren exactament el mateix), el programa va funcionar i finalment vam ser capaços d'extreure la regió genòmica. Un cop teníem la nostra proteïna potencial vam realitzar un BLASTp en una base de dades no redundant (nr database; NCBI). El resultat obtingut indicava que no es tractava d'una proteïna de la família de les Thioredoxin reductases, sinó d'una Pyridine nucleotide transhydrogenase no anotada encara per aquest organisme.