M. brevicollis

A. anophagefferens
M. brevicollis NCBI
TR1 humà

Els alineaments que resulten del tBLASTn de TR de A.anophagefferens (query) i el genoma d'aquest protista són molt significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit que vàrem analitzar és el corresponent al scaffold 5; que té un E-value de 6e-52, tot i no trobar la selenocisteïna de la query alineada. Per a veure si aquest no-alineament es devia a que la proteïna que tenia el nostre protista no era una selenoproteïna, vàrem extreure la proteïna amb la query de A.anophagefferens i vàrem fer un BLASTp amb una base de dades no redundant (nr database). Vam poder comprovar que efectivament es tractava d'una thioredoxin reductasa, ja que aquesta ja s'havia caracteritzat anteriorment (tot i que aquesta NO contenia una selenocisteïna en la seva seqüència). Llavors, varem extraure la proteïna que estava al NCBI i la vàrem utilitzar com a query per a tornar a fer Exonerate. El que vàrem trobar era que, de nou, no obteníem cap selenocisteïna. Vàrem procedir llavors a mirar si aquest fet es podia estar causat per un error del programa, i que el codó TGA (corresponent a la Selenocisteïna) fos llegit com un codó STOP, i no com el nostre aminoàcid. Per a això vàrem introduir la nostra seqüència al programa ExPASY, i un cop vàrem trobar el nostre frame, vàrem descobrir que, efectivament, trobàvem un codó TGA, seguit d'una Glicina i un altre codó STOP; quedant demostrat així, que la nostra proteïna sí que és una selenoproteïna. Per a poder extraure la proteïna amb la seqüència que contingués la U i la G vàrem modificar els valors de END position del gff, sumant-li 6 posicions al extrem 3'. Per a acabar, vàrem buscar elements SECIS a la regi&oacite; 3' del gen en qüestió, i tan sols vàrem ser capaços de trobar estructures amb el programa SECISearch.pl si buscàvem amb l'opció “non-standard pattern”. Tot i això, tan sols hem trobat un resultat possible.

El segon hit estudiat va ser el corresponent a scaffold 36, on, un altre cop, teníem un E-value significatiu (7e-11) però no s'alineava la Sec. Després d'extreure la proteïna - on tan sols cal destacar l'ús de la comanda “exhaustive yes” durant exonerate - v&acgrave;rem fer un BLASTp contra una base de dades no redundant, i vàrem veure que no es tractava d'una proteïna de la família TR, sinó d'una dihydrolipoamide dehydrogenasa (no es tracta d'una selenoproteïna). La raó per la qual obteníem un hit significatiu és per què aquestes dues proteïnes tenen dominis conservats entre elles (ja que la seva funció és semblant).