E. huxleyi

A. anophagefferens
TR1 humà

Els alineaments que resultaven del tBlastn de TR entre A.anophagefferens (query) i el genoma del protista són bastant significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit que va ser analitzat va ser el corresponent al "scaffold_97" al que li correspon un E-value de 1e-48. Si ens fixem amb l'alineament resultant podem veure que la selenocisteïna de la query utilitzada es troba enfrontada a un asterisc el qual ens està indicant que es tracta d'un codó stop (TGA). Això ens indica doncs que es troba alineada amb un selenocisteïna present al genoma de E.huxleyi.

Un cop vist això vam procedir a extreure el cDNA a partir de la utilització de l'exonerate i aquest va ser posteriorment traduït a proteïna mitjançant el fastatranslate. Com a resultat, doncs, obtenim una proteïna en la que trobem la selenocisteïna però a la qual li manca la part inicial igual que passa amb la query utilitzada. També vam realitzar un tcoffee que ens va alinear de nou les dues seqüències comprovant novament que teníem una selenoproteïna enfrontada als dos genomes comparats.

Finalment, per acabar d'afirmar que ens trobàvem davant d'una selenoproteïna, vam buscar els elements SECIS a la regió 3'. Això ho vam fer mitjançant una sèrie de comandes a partir de les quals vam obtenir la seqüència corresponent a l'element SECIS a més a més de la imatge corresponent.

Com veiem als resultats del blast, al realitzar els alineaments obteníem altres valors d'e-value significatius de manera que vam procedir a analitzar el segon hit. Aquest correspón al "scaffold_20" amb un e-value de 2e-22. En aquest cas, però, al fixar-nos amb l'alineament, no trobàvem com en el cas anterior que hi pogués haver una selenocisteïna. D'aquesta manera vam procedir com en el cas anterior a l'obtenció de la proteïna. Un cop teníem la seqüència, vam analitzar-la mitjançant el blastp i així vam poder veure que es tractava d'una proteïna d'una altra família: glutationa reductasa. Obteníem igualment un hit molt significatiu ja que aquestes dues famílies tenen dominis molt conservats entre elles.