D. purpureum

A. anophagefferens
TR1 humà

Dels alineaments que resulten de realitzar un tBLASTn emprant com a query la seqüència de TR de l'organisme protista A. anophagefferens i el genoma del microorganisme Dictyostelium purpureum dos han resultat significatius, tal i com podem veure al fitxer adjunt.

El primer hit analitzat és el scaffold_418, que presenta un E-value de 9e-62. Tanmateix, al resultat reportat pel BLAST, en aquest alineament no hi constava ni una selenocisteïna ni tampoc una cisteïna homòloga, ja que faltava un fragment final que no s'alineava.

Amb l'objectiu de comprovar de quina proteïna es tractava, vam intentar d'extreure les regions exòniques i per tant, la seqüència codificant de la nostra proteïna potencial, mitjançant l'aplicació de l'exonerate i emprant com a query la del microorganisme A. Anophagefferens. Un cop obtinguda la seqüència d'aminoàcids, es va introduir a l'NCBI, per tal de fer un BLASTp amb una base de dades proteica no redundant (nr database). El resultat reportat per l'aplicació indicava que no es tractava d'una proteïna de la família de les Thioredoxin reductases, sinó d'una Glutathione reductase no anotada per aquest protista.

Com s'ha introduït anteriorment, aquestes dues famílies de proteïnes són molt semblants i comparteixen un elevat grau d'homologia. Es diferencien principalment per un domini final, que en el cas de les TR conté la selenocisteïna o la cisteïna homòloga, però que és absent en les GR.

El segon hit analitzat va ser el scaffold_49, que presentava un E-value de 9e-40. Com en el cas anterior, el fragment de seqüència alineat no contenia el nostre aminoàcid d'interés.

Per tal de determinar de quina proteïna es tractava, vam repetir el procediment descrit abans, extraient la seqüència codificant mitjançant l'exonerate. Un cop obtinguda la proteïna, que tenia una mida molt petita, vam realitzar un BLASTp a la base de dades de l'NCBI. El resultat va ser que tampoc es tractava de cap TR, en aquest cas, era una Dihydrolipoamide dehydrogenase no anotada encara per aquest protista.

En resum, no vam trobar cap Thioredoxin reductase en Dictyostelium purpureum.