Resum
Tot un seguit d’estudis han permès la identificació d'un altre tipus d’aminoàcid, la selenocisteïna (Sec, U), que és un anàleg de la cisteïna però es diferencia per la presència d'un àtom de seleni i no un de sofre. Aquest aminoàcid (aminoàcid 21) caractetitza les selenoproteïnes, que són la font de seleni dels organismes que les presenten. La síntesi d'aquestes proteïnes és peculiar: el codó UGA generalment indica STOP, però també pot codificar per una selenocisteïna. Perquè es pugui dur a terme aquest canvi d'interpretació cal la presència de tota una maquinària específica de síntesi de selenoproteïnes. Com a conseqüència de que el codó UGA codifica per una selenocisteïna, però també és un dels codons de parada, en molts genomes no s'ha pogut anotar correctament la presència de selenoproteïnes.
L'objectiu d'aquest projecte és la recerca específica de sis selenoproteïnes (Sel4, SelTryp, SelJ, DI1, DI2, DI3) en els genomes d’11 protistes diferents. Per a fer aquesta cerca, hem utilitzat diferents programes bioinformàtics (tBLASTn, Exonerate, Genwise, T-coffee, JalView). A més a més, hem ampliat la cerca de selenoproteïnes a altres organismes, els utilitzats als projectes dels anys 2008 i 2009.
El coneixement de les selenoproteïnes ens permet comprendre millor el procés evolutiu que s'ha produït en els diferents taxons filogenètics.
Abstract
Some studies have allowed the identification of another type of aminoacid, the selenocistein (Sec, U), that is an analogous of cistein but it differs in the presence of a selenium atom instead of a sulfur atom. This aminoacid (21st aminoacid) is characteristic of selenoproteins, which are the source of selenium in the organisms in which are present. The synthesis of these proteins is particular: the UGA codon normally indicates a STOP, but it can code for a selenocistein, too. Specific machinery for the synthesis of selenoproteins is needed for this change in the interpretation. As a consequence of the two possible functions of the UGA codon, there are a lot of genomes that don’t have a good annotation of selenoproteins.
The goal of this project is the specific search of six selenoproteins (Sel4, SelTryp, SelJ, DI1, DI2, DI3) in the genomes of 11 different protists. In order to do this search, we have used different bioinformatics programs (tBLASTn, Exonerate, Genwise, T-coffee, JalView). Furthermore, we have searched these selenoproteins in other organisms, the organisms that were used in the projects of 2008 and 2009.
The knowledge of selenoproteins allows us to better understand the evolution process that has taken place in the different phylogenetic taxons.
Web optimitzada per a Mozilla Firefox 3