|
eEFSec (eukaryotic elongation factor) és una proteïna necessària en la incorporació de la selenocisteïna a les proteïnes. Actúa durant el procés de traducció i de síntesi del Sec-tRNASec. Durant la traducció, el complex format per eEFSec, Sec-tRNA[Ser]Sec i SBP2/SECIS s'uneix al ribosoma per tal d'incorporar el Sec-tRNA[Ser]Sec al site A del ribosoma, de manera que la maquinària de traducció reconeixi el codó TGA com a codó de selenocisteï i no com a codó STOP. En un principi, els resultats de tBLASTn ens van donar resultats significatius. El millor hit el vam obtenir d'un alineament de la proteïna eEFSec de Drosophila Melanogaster amb el contig AANW02000129.1 de la nostra seqüència. Presentava un score 92 i un e-value de 9e-19. |
 |
Clica aquí per veure els resultats.
No obstant vam observar com eEFSec s'alineava en múltiples contigs del nostre genoma, i tot i tenir un e-value considerable, vam considerar que l'alineament no era molt bó. Per aquest motiu vam realitzar primer un T-Coffee entre la regió de l'alineament amb les múltiples selenoproteïnes i tampoc obteniem uns resultats que ens convencessin. Finalment vam decidir comprovar que realment la regió que ens alineava corresponia a una homòloga de eEFSec en E.invadens. Vam realitzar una cerca (blastx) amb una de les bases de dades més extenses (NCBI) i els resultats que vam obtenir ens mostren com ens alineen amb una família de factors d'elongació semblant a eEFSec, el factor d'elongació anomenat EF-Tu (Elongation Factor Thermo unestable). Aquest factor d'elongació no participa en la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes.
Aquest pas el vam realitzar pels diversos contigs de Entamoeba invadens que ens donaven hits significatius. El resultat del blast ens mostrava un alineament amb Ef-Tu amb valors molt significatius en tots els casos (e-value inferiors a e-160 i scores 500).