La SelT és una selenoproteïna involucrada en la regulació de la homeostasis del calci durant la diferenciació neuroendocrina.

TblastN

El TblastN obtingut de llençar la SelT humana contra el genoma de P. marinus ha donat el següent resultat:

Hem seleccionat el contig gi|126302497|gb|AAXJ01000008.1|per seguir amb l'estudi de SelT ja que és el que té un millor e-value. Per veure l'alineament prem aquí.

Predicció de la SelT en P. marinus

La predicció exònica l'hem realitzat amb el programa Exonerate, i no ha donat cap resultat.

La predicció peptídica i del cDNA realitzada amb el programa Genewise, ha donat les següents prediccions:

Per veure el resultat del Genewise clica aquí

Alineament del SelT predit:

T-coffee Alineament amb el programa T-coffee de la proteïna predita amb la proteïna de partida, en aquest cas la SelT d'Homo sapiens:

Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per la SelT predita dóna els següents resultats que es poden veure aquí .

Cerca d'elements SECIS

A l'analitzar la seqüència dels 1000 nucleòtids posteriors a l'alineament amb el programa SECISearch, dóna el següent element SECIS, amb un score de 27.27.

Per veure la seqüència clica aquí

Un cop descrits els nostres resultats dels diferents passos per la SelT, podem dir que tot i que no s’alinea la selenocisteïna, es tracta, com a mínim, d’un domini. Aquesta afirmació l’avala el fet que al fer el Blastcl3 nr els hits són també la SelT en altres organismes.

torna a resultats       ↑