Selenoproteïna (Sel O)
SelO és una selenoproteïna amb una funció desconeguda.
Resultats
TblastN
En el TblastN fet amb la selenoproteïna humana i el genoma de P.marinus, s’obtenen dos alineaments molt bons amb un e-value baix en ambdós contigs, alineant en la mateixa regió del genoma. Per això es comprova que els dos contigs són una duplicació mitjançant el programa Blast2seq del NCBI. Per veure el fitxer clica aquí
Clica la imatge per veure-la gran
Per veure l'alineament clica aquí
El problema de l’alineament predit és que no arriba fins a la selenocisteïna ja que en la proteïna humana es troba en la última posició. Per aquest motiu, es realitza l'estudi a partir d'una proteïna quimèrica.
Predicció de SelO en P. marinus
Per obtenir la seqüència proteica de la possible selenoproteïna es fa la proteïna quimèrica entre TblastN i la regió humana que falta, i es fa un Genewise amb aquesta.
Clica la imatge per veure-la gran
Clica la imatge per veure-la gran
Per veure el fitxer Genewise clica aquí
Els resultats obtinguts al Genewise són força dolents, donant una predicció proteica molt curta i que no arriva a alinear fins a la selenocisteïna.
Degut a aquest resultat s’utilitza el programa Transeq EBI perquè tradueixi la seqüència nucleotídica del contig d’interès als sis possibles frames. Per veure resultat clica aquí. aquí
En la traducció es veu que la seqüència conté gran número de senyals stop, impossible en una seqüència gènica, per això es suposa que pot ser un pseudogen.