Selenoproteïna H (SelH)
SelH és una selenoproteïna essencial per a la viabilitat i les defenses antioxidants, tot i que la seva funció no està del tot descrita. La SelH conté U en la seva seqüència aminoacídica en humans.
Resultats
TblastN
El TblastN obtingut de llençar la SelH humana contra el genoma de P. marinus ha donat el següent resultat:
Clica la imatge per veure-la gran
La SelH humana alinea amb dos contigs diferents (gi|126301783|gb|AAXJ01000722.1| i gi|126301861|gb|AAXJ01000644.1|), amb una e-value molt semblant, 4 e-04 i 5 e-04, respectivament. Per veure l'alineament prem aquí.
Els alineaments obtinguts són molt semblants pels dos contigs, i conseqüentment s’ha fet el Blast2seq, donant una identitat del 96% entre ells.
Com que els dos contigs estan repetits, s'ha utilitzat el contig gi|126301783|gb|AAXJ01000722.1| per seguir amb l'anàlisis.
Predicció de la SelH en P. marinus
La predicció exònica l'hem realitzat amb el programa Exonerate, i no ha donat cap resultat.
La predicció peptídica i del cDNA l'hem realitzat amb el programa Genewise, i ha donat les següents prediccions:
Clica la imatge per veure-la gran
Clica la imatge per veure-la gran
Per veure el fitxer Genewise clica aquí
Com que la predicció peptídica obtinguda amb el Genewise no és molt fiable degut a la seva llargada, s'ha fet una proteïna quimèrica amb la seqüència predita i l'alineament del TblastN original, obtenint la següent proteïna quimèrica.
Clica la imatge per veure-la gran
Alineament de la SelH predita
T-coffee Amb el programa T-coffee hem alineat la proteïna predita i la quimèrica amb la proteïna de partida, en aquest cas la SelH d'Homo sapiens:
Clica la imatge per veure-la gran
Clica la imatge per veure-la gran
Blastcl3 nr El resultat del blastcl3 per la SelH predita no dóna cap hit, en canvi amb la proteïna quimera dóna els següents resultats:
Cerca d'elements SECIS
El resultat de llançar els 1000 nucleòtids 3’ de l'alineament dóna el següent element SECIS, amb un score de 0.
Clica la imatge per veure-la gran
Per veure la seqüència clica aquí
Discussió
Un cop descrits els nostres resultats dels diferents passos per la SelH, podem concloure que la SelH predita es troba en el P. marinus, ja que alinea la U amb un e-value de 4 e-04, i al realitzar el blastcl3 amb la proteïna quimèrica, aquesta alinea amb diferents SelH d'altres organismes. Tot i això el SECIS obtingut, al tenir un score de 0, no el considarem plausible.