SBP2 és una proteïna de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes que promou la unió de la selenocisteïna a la selenoproteïna que s'està formant en el ribosoma. Aquesta proteïna té dos dominis molt importants en la seva estructura, un d'unió a l'element SECIS i un altre d'unió a la selenocisteïna. Degut a la importància d'aquests dominis per la funció de la proteïna, aquests es troben molt conservats en tots els organismes que tenen selenoproteïnes. Per això, esperariem trobar ambdós dominis en P.marinus.

TblastN

Es va realitzar un TblastN de la seqüència proteica de SBP2 humana contra el genoma de P.marinus . El resultat obtingut va ser el següent:

L'alineament realitzat no té molt bon e-value (2e-05) ni una longitud de molts aminoàcids, però a l'observar-lo detingudament es pot veure que bastants aminoàcids alineen correctament entre ambdós seqüències genòmiques. Es suposa que un dels dominis està conservat en P.marinus . Per veure els resultats clica aquí.

Alineament de la SBP2 predita

Per comprovar si aquest domini alineat correspon a algun dels de la SBP2 característicament conservats, es va procedir a estudiar si aquest mateix domini alineava també en altres organismes en una regió similar. Per portar-ho a terme es va realitzar un TblastN nr de la proteïna humana contra la base de dades del NCBI. El resultat és que la proteïna humana alinea en els diferents organismes en la mateixa regió que contra P.marinus. El que significaria que un dels dominis de la proteïna SBP2 està conservat en l'organisme a estudi. Per veure el fitxer clica aquí

El següent pas per confirmar aquest fet és realitzar un Blastcl3 nr en el NCBI del fragment alineat en Perkinsus contra la base de dades del NCBI. El resultat és que el domini trobat alinea amb un tipus de domini en altres espècies: similar al SECIS binding protein. Per veure el fitxer clica aquí.

Després dels resultats analitzats es pot concloure que no tobem la proteïna completa SBP2 en el genoma estudiat, però sí un dels dominis conservats evolutivament que la formen.

torna a resultats       ↑