MsrA és un enzim que redueix els residus metionina sulfòxids de proteïnes que han patit danys oxidatius. Aquest enzim protegeix a les cèl·lules de l'estrés oxidatiu i està implicat en retardar el procés i la progressió de malalties neurodegeneratives. En humans no té selenocisteïna, sinó cisteïna. De fet molt poques espècies amb aquesta proteïna tenen selenocisteïna, per tant, en P.marinus, al tenir la proteïna, s'espera trobar que s'alineïn les cisteïnes homòlogues.

TblastN

Es va realitzar un TblastN de la proteïna MsrA humana contra el genoma de P.marinus. El resultat obtingut és el següent:

En l'alineament es troben dos bons e-values corresponents a 5e-28 i 9e-28 en dos contigs diferents. Aquests dos alineaments resulten ser pràcticament indèntics, pel que se suposa que poden ser contigs solapats. Per comprovar-ho s'alineen els contigs mitjançant el programa blast2seq en NCBI, obtenint com a resultat que són contigs solapats. En l'alineament es comprova que la cisteïna homòloga a selenocisteïna en MsrA humana alinea amb una altra cisteïna en P.marinus. Per veure l'alineament clica aquí.

Predicció de la MsrA en P. marinus

Després d'això i de l'extracció de la seqüència nucleotídica corresponent s'utilitza el programa Exonerate. Aquest programa prediu en la seqüència proteica dos exons. Per veure els resultats clica aquí.

A continuació s'utilitza el Genewise per extreure la predicció proteica de MsrA en P.marinus i el programa proporciona una bona predicció. Per veure el resultat clica aquí.

Alineament de la MsrA predita

T-coffee Per comprovar l'alineament de la proteïna predita contra la humana, s'utilitza el programa T_COFFEE. Gràcies a aquest es pot observar que hi ha dominis de la proteïna de P.marinus que alineen força bé amb la humana.

Blastcl3 nr Per acabar, es realitza un Blastcl3 en el qual es llença la proteïna predita pel Genewise contra la base de dades de genomes de diferents organismes del NCBI. El resultat obtingut és que la MsrA de P.marinus alinea amb varies MsrA d'altres organimes amb bons e-values. Per veure l'alineament clica aquí.

Cerca d'elements SECIS

A l'intentar buscar SECIS en la proteïna predita en P.marinus se'n troba cap. És lògic ja que la proteïna estudiada no té selenocisteïna en la seva seqüència.

Després d'analitzar els resultats obtinguts es pot concloure que la proteïna MsrA es troba a P.marinus. Aquest fet és recolzat pels resultats de l'alineament de la proteïna humana amb el genoma de P.marinus, així com pels alineaments fets amb la proteïna predita en Perkinsus contra la humana i la base de dades del NCBI, en que els resultats d'e-value són bons i s'alinea amb altres MsrA d'altres organismes.

torna a resultats       ↑