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ACANTHAMOEBA CASTELLANII |
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SECp43
Función: SECp43, formando complejo con SLS (Soluble Liver Antigen), interacciona con el tRNA para selenocisteína. Además, regula la síntesis de selenoproteínas mediante influencias en el proceso de metilación del tRNA para selenocisteína y en la distribución intracelular de SLA.
Resultados
Tblastn
Homo sapiensHits con un e-value significativo en dos regiones distintas:
Genewise
Predicción de la proteína del Contig18982_Contig20379_Contig20751:TLWVGDIDRWMDENYIVALFGSAAEVANVKIIRDKMTGLPAGYGFVEFKSHEGAARVLNDFNNVPIPGVGRSFRLNWATFGIAA
RRPETGPEFSLFVGDLAPEISDDQLQVQLSPYRRVTAHALPWLTACVALPRLSLARATGYGFVRFGDETECYSAMTEMQGM
MLGSRALRLSQATPKKS
Predicción de la proteína del Contig 7727_Contig4796:
QSASLYVGDLNPTVTEALLFEIFKAVGPVASIRVCRDAVTRRSLGYAYVNFHNVVDAERALDTLNYTLIKGRPCRIMWSHRDPS
IRKSGQGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFSAFGNILSCKVVTDGKGNSKGYGFVHY
Protein blast
El primer péptido contra Homo sapiens:
El primer péptido contra todos los organismos
El segundo péptido contra Homo sapiens:
El segundo péptido contra todos los organismos
Discusión
Buscando la Met con el Expasy obtenemos la primera proteína homóloga expandida:
MGGAEHDGGGGGSEADKRTLWVGDIDRWMDENYIVALFGSAAEVANVKIIRDKMTGLPAGYGFVEFKSHEGAARVLNDFN
NVPIPGVGRSFRLNWATFGIAARRPETGPEFSLFVGDLAPEISDDQLQVQLSPYRRVTAHALPWLTACVALPRLSLARATGYGFVRF
GDETECYSAMTEMQGMMLGSRALRLSQATPKKS
Esta proteína contiene un dominio "RNA recognition motif" según el Pfam:
En cuanto a la segunda proteína, el resultado de uno de los pBLAST (concretamente, el de poly(A)-binding domain) mostrados en el apartado de Resultados es el siguiente:
Se puede postular, debido a la grandísima conservación, que el segundo péptido que da homología con SECp43 es en realidad un homólogo de la proteína de unión a poli-A.
Buscando la Met con el Expasy obtenemos la segunda proteína homóloga expandida:
MAANSPYQSASLYVGDLNPTVTEALLFEIFKAVGPVASIRVCRDAVTRRSLGYAYVNFHNVVDAERALDTLNYTLIKGRP
CRIMWSHRDPSIRKSGQGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFSAFGNILSCKVVTDGKGNSKGYGFVHY
Los dominios de esta segunda proteína son más completos y consistentes:
Se hace un t-coffee de cada uno de los péptidos contra la SECp43 de Homo sapiens:
t_coffee para proteína 1
t_coffee para proteína 2
Aunque las zonas correspondientes a los dominios de unión a RNA están bastante conservadas, no se puede concluir que SECp43 se encuentre o no en el genoma de Acanthamoeba castellaniii, ya que los BLASTs de las proteínas obtenidas no muestran, entre sus hits más significativos, homología con ningún SECp43 caracterizado (sí en el caso del protein BLAST de la primera proteína contra Homo sapiens, aunque no cuando lo hacemos contra todos los organismos). Puede ser debido a que los dominios de SECp43 sean comunes a otras proteínas, dando lugar a falsos positivos.