Secp43
La Secp43 és una proteïna implicada en la síntesi del Sec-tRNA[Ser]Sec i, a més a més, es troba implicada en la incorporació de la selenocisteïna durant la traducció de la proteïna, per tant, forma part del conjunt de proteïnes implicades en la maquinària de síntesi de selenoproteïnes.
Per tal de determinar si la nostra espècie contenia Secp43, hem realitzat un tBLASTn per veure si hi ha algun hit prou significatiu entre les Secp43 presents en la SelenoDB i GeneDB, i el nostre genoma.
A continuació es mostren els resultats.
Analitzant els resultats, veiem que en totes les espècies amb les que hem fet el tBLASTn obtenim bons hits, però el hit més significatiu correspon al que ens alinea la query corresponent a la seqüència proteica Secp43 de Homo sapiens contra el genoma de Leishmania braziliensis. Aquest alineament dóna un E-value prou significatiu amb un valor de 1e-14 i un score de 77.
A més a més, l'alineament obtingut de les dues seqüències ha estat bastant bo. Aquestes dues evidències ens han fet sospitar de la possible presència de Secp43 en L. braziliensis.
Tot seguit, hem procedit a extreure la seqüència genòmica d'interès localitzada al contig, on s'ha produït l'alineament gi|154345382|ref|NC_009326.1|
A partir d'aquesta regió hem determinat la seva estructura gènica, és a dir, els exons i els introns presents en aquesta subseqüència. Això ho obtenim gràcies al programa Genewise, el qual ens alinea aquesta subseqüència juntament amb la Secp43 de H.sapiens, i ens localitza els exons i els introns. Els resultats es mostren a continuació:
A partir d'aquí, hem agafat el cDNA predit pel programa Genewise i hem realitzat un fastatranslate per tal d'obtenir els 6 possibles ORFs.
Per tal de poder determinar quin dels 6 possibles ORFs corresponia a la possible seqüència codificant de la selenoproteïna, hem realitzat un BLASTp entre els diferents ORFs contra la proteïna Secp43 de H. sapiens.
Finalment, hem extret la seqüència proteica a partir del millor hit obtingut per BLASTp; aquesta presentava un E-value 2e-19 i un score de 77.
A continuació es mostra la seqüència proteica predita corresponent a la Secp43 de L. braziliensis:
>subseq(1865852,6473).[3000:3455].sp [translate(1)] ASIYVGDLDAAINEPQLVELFKPFGTILNVRVCRDIITQRSLGYGYVNFDNHHSAERAIESMNFRRVGDKCVRLMW QQRDPSLRYSGNGNVFVKNLEKDVDSKSLHDIFTKFGSILSCKVMEDEEGKSRGYGFVHFKDEISAKDAIVKMNGA
A continuació, hem realitzat per mitjà el programa Interpro una cerca de dominis proteics, amb el qual hem localitzat el domini característic de la Secp43.
Finalment, hem realitzat un alineament múltiple de les diferents espècies que presentaven Secp43 per tal de veure si hi ha conservació entre elles.
